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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1v48 | ||||||
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タイトル | Calf spleen purine nucleoside phosphorylase (PNP) binary complex with 9-(5,5-difluoro-5-phosphonopenthyl)guanine | ||||||
![]() | Purine nucleoside phosphorylase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / purine nucleoside phosphorylase / binary complex / multisubstrate analogue / inhibitor | ||||||
機能・相同性 | ![]() guanosine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / purine ribonucleoside salvage / purine-nucleoside phosphorylase activity / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Luic, M. / Koellner, G. / Yokomatsu, T. / Shibuya, S. / Bzowska, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Calf spleen purine-nucleoside phosphorylase: crystal structure of the binary complex with a potent multisubstrate analogue inhibitor. 著者: Luic, M. / Koellner, G. / Yokomatsu, T. / Shibuya, S. / Bzowska, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 70.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 50.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 719.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 721.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1fxuS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biologically active unit is a trimer. The identical monomers in the trimer are relatied by a 3-fold crystallographic axis. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32127.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 化合物 | ChemComp-HA1 / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.37 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.75 詳細: PEG 4000, Hepes, magnesium chloride, pH 7.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2000年9月13日 / 詳細: continuous bent Rh-coated mirror |
放射 | モノクロメーター: triangular Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.913 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 13902 / Num. obs: 13902 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 20.8 Å2 / Rsym value: 0.055 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / Num. unique all: 1363 / Rsym value: 0.206 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1FXU 解像度: 2.2→20 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 28 Å2 | ||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.24 Å | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
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拘束条件 |
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