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- PDB-1lvu: Crystal structure of calf spleen purine nucleoside phosphorylase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lvu
タイトルCrystal structure of calf spleen purine nucleoside phosphorylase in a new space group with full trimer in the asymmetric unit
要素Purine nucleoside phosphorylase
キーワードTRANSFERASE / PNP / PURIE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE / PENTOSYLTRANSFERASE / NEW SPACE GROUP / 2 / 6-DIAMINOPURINE MULTISUBSTRATE ANALOGUE INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


guanosine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / purine ribonucleoside salvage / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Purine nucleoside phosphorylase I, inosine/guanosine-specific / Purine phosphorylase, family 2, conserved site / Purine and other phosphorylases family 2 signature. / Purine nucleoside phosphorylase / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9PP / Purine nucleoside phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Bzowska, A. / Koellner, G. / Wielgus-Kutrowska, B. / Stroh, A. / Raszewski, G. / Holy, A. / Steiner, T. / Frank, J.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of calf spleen purine nucleoside phosphorylase with two full trimers in the asymmetric unit: important implications for the mechanism of catalysis
著者: Bzowska, A. / Koellner, G. / Wielgus-Kutrowska, B. / Stroh, A. / Raszewski, G. / Holy, A. / Steiner, T. / Frank, J.
#1: ジャーナル: NUCLEOSIDES NUCLEOTIDES NUCLEIC ACIDS / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of Calf Spleen Purine Nucleoside in a Complex with Multisubstrate Analogue Inhibitor with 2,6-Diaminopurine Aglycone
著者: Koellner, G. / Stroh, A. / Raszewski, G. / Holy, A. / Bzowska, A.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: Crystals Structure of Calf Spleen Purine Nucleoside Phosphorylase in a Complex with Hypoxanthine at 2.15 A Resolution
著者: Koellner, G. / Luic, M. / Shugar, D. / Saenger, W. / Bzowska, A.
#3: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2001
タイトル: Calf Spleen Purine Nucleoside Phsophorylase: Crystal Structure of its Ternary Complex with an N(7)-Acycloguanosine Inhibitor and a Phosphate Anion
著者: Luic, M. / Koellner, G. / Shugar, D. / Saenger, W. / Bzowska, A.
履歴
登録2002年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年7月4日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.type / _software.version
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Purine nucleoside phosphorylase
B: Purine nucleoside phosphorylase
C: Purine nucleoside phosphorylase
D: Purine nucleoside phosphorylase
E: Purine nucleoside phosphorylase
F: Purine nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,96122
ポリマ－192,7596
非ポリマー2,20216
水32,9491829
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19850 Å2
ΔGint-200 kcal/mol
Surface area58270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.014, 132.625, 177.528
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Two biologicaly active trimers (forming hexamer) are present in one asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質
Purine nucleoside phosphorylase


分子量: 32126.557 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: spleen / 参照: UniProt: P55859, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-9PP / 2,6-DIAMINO-(S)-9-[2-(PHOSPHONOMETHOXY)PROPYL]PURINE


分子量: 300.211 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N6O4P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1829 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.02 %
結晶化温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.25
詳細: PEG400, CaCl2, HEPES, pH 7.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 286K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
110 mg/mlenzyme1drop
20.2 M1reservoirCaCl2
319-31 %PEG4001reservoir
40.1 MHEPES1reservoirpH7.25

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年6月24日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→20 Å / Num. all: 405031 / Num. obs: 115924 / % possible obs: 98.7 % / Biso Wilson estimate: 10.8 Å2
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / % possible all: 98.2
反射
*PLUS
最高解像度: 2.05 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 115876 / % possible obs: 98.7 % / Rmerge(I) obs: 0.041
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.2 % / Rmerge(I) obs: 0.135

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FXU

1fxu


解像度: 2.05→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: PROTEIN WAS CO-CRYSTALLIZED WITH 9PP FROM 19-31% PEG-400 IN 100 MM HEPES BUFFER, PH 7.25; 100 MM CACL2 PROTEIN WAS MIXED WITH 9PP AT A 1:5 ( PNP TRIMER : INHIBITOR) MOLAR RATIO IN THRE ...詳細: PROTEIN WAS CO-CRYSTALLIZED WITH 9PP FROM 19-31% PEG-400 IN 100 MM HEPES BUFFER, PH 7.25; 100 MM CACL2 PROTEIN WAS MIXED WITH 9PP AT A 1:5 ( PNP TRIMER : INHIBITOR) MOLAR RATIO IN THRE PRESENCE OF ORTHOPHOSPHATE AT 1:22 ( PNP TRIMER : ORTHOPHOSPHATE) MOLAR RATIO
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 9323 8 %RANDOM
Rwork0.188 ---
all0.189 115876 --
obs-115876 98.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 63.8383 Å2 / ksol: 0.378319 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.41 Å20 Å20 Å2
2---1.26 Å20 Å2
3----2.15 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.28 Å / Luzzati sigma a free: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12850 0 130 1829 14809
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.351.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.072
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.272
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.272.5
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 1546 8.2 %
Rwork0.206 17286 -
obs-11390 97.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3INH.PARAMINH.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 10.3 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0059
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.35
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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