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- PDB-1v1s: 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE FROM THERMUS THERMOPHILUS (CRYSTAL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1v1s
タイトル2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE FROM THERMUS THERMOPHILUS (CRYSTAL FORM 2)
要素2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE
キーワードTRANSFERASE / 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE / THERMUS THERMOPHILUS / STRUCTURAL GENOMICS / RIKEN STRUCTURAL GENOMICS/PROTEOMICS INITIATIVE / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


2-dehydro-3-deoxygluconokinase / 2-dehydro-3-deoxygluconokinase activity / phosphorylation / nucleotide binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / Ribokinase/fructokinase / pfkB family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate/purine kinase, PfkB, conserved site / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-dehydro-3-deoxygluconokinase
類似検索 - 構成要素
生物種THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Tahirov, T.H. / Inagaki, E.
引用
ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2004
タイトル: Structure of Thermus thermophilus 2-Keto-3-deoxygluconate kinase: evidence for recognition of an open chain substrate.
著者: Ohshima, N. / Inagaki, E. / Yasuike, K. / Takio, K. / Tahirov, T.H.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Analysis of 2-Keto-3-Deoxygluconate Kinase from Thermus Thermophilus
著者: Inagaki, E. / Ukita, Y. / Kumei, M. / Kajihara, Y. / Tahirov, T.H.
履歴
登録2004年4月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年2月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Experimental preparation / Other
カテゴリ: citation / exptl_crystal_grow ...citation / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE
B: 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE
C: 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE
D: 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE
E: 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE
F: 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,8216
ポリマ－200,8216
非ポリマー00
水00
1
A: 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE
B: 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE

A: 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE
B: 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE

A: 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE
B: 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,8216
ポリマ－200,8216
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
手法PQS
2
C: 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE
D: 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE

C: 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE
D: 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE

C: 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE
D: 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,8216
ポリマ－200,8216
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
手法PQS
3
E: 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE
F: 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE

E: 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE
F: 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE

E: 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE
F: 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,8216
ポリマ－200,8216
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)145.831, 145.831, 74.633
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3

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要素

#1: タンパク質
2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE


分子量: 33470.184 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)
株: HB8 / プラスミド: PET11A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q53W83*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: VAPOUR-DIFFUSION SITTING DROP, AT 298 K. 10.0 MG/ML OF PROTEIN SOLUTION WAS MIXED WITH RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 28% V/V MPD, 10 MM CALCIUM CHLORIDE AND 0.1 M TRISODIUM CITRATE BUFFER, PH 5.6.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 27126 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 3.43 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 9.46
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / Rmerge(I) obs: 0.261 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 82

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1V19

1v19


解像度: 3.2→29.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 118387.2 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: CRYSTAL IS WITH HEMIHEDRAL TWINNING, TWINNING OPERATOR IS "H, -H-K, -L", TWINNING FRACTION IS 0.5
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2778 1205 4.1 %RANDOM
Rwork0.2391 ---
obs0.2391 27163 92.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 11.7918 Å2 / ksol: 0.235014 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 42.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.584 Å2-1.876 Å20 Å2
2--4.584 Å20 Å2
3----9.169 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.41 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.87 Å0.58 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→29.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13782 0 0 0 13782
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it01.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it02
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it02
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it02.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAIN / Rms dev position: 0 Å / Weight position: 300
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3423 114 3.9 %
Rwork0.2953 1930 -
obs--69.5 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: PROTEIN.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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