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- PDB-1v1b: 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE FROM THERMUS THERMOPHILUS WITH BOU... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1v1b
タイトル2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE FROM THERMUS THERMOPHILUS WITH BOUND ATP
要素2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE
キーワードTRANSFERASE / 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE / ATP / THERMUS THERMOPHILUS / STRUCTURAL GENOMICS / RIKEN STRUCTURAL GENOMICS/PROTEOMICS INITIATIVE / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


2-dehydro-3-deoxygluconokinase / 2-dehydro-3-deoxygluconokinase activity / phosphorylation / nucleotide binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / Ribokinase/fructokinase / pfkB family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate/purine kinase, PfkB, conserved site / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 2-dehydro-3-deoxygluconokinase
類似検索 - 構成要素
生物種THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Tahirov, T.H. / Inagaki, E.
引用
ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2004
タイトル: Structure of Thermus thermophilus 2-Keto-3-deoxygluconate kinase: evidence for recognition of an open chain substrate.
著者: Ohshima, N. / Inagaki, E. / Yasuike, K. / Takio, K. / Tahirov, T.H.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Analysis of 2-Keto-3-Deoxygluconate Kinase from Thermus Thermophilus
著者: Inagaki, E. / Ukita, Y. / Kumei, M. / Kajihara, Y. / Tahirov, T.H.
履歴
登録2004年4月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年2月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Experimental preparation / Other
カテゴリ: citation / exptl_crystal_grow ...citation / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE
B: 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE
C: 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE
D: 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,9098
ポリマ－133,8814
非ポリマー2,0294
水1,67593
1
A: 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE
B: 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE
ヘテロ分子

A: 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE
B: 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE
ヘテロ分子

A: 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE
B: 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,86412
ポリマ－200,8216
非ポリマー3,0436
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
手法PQS
2
C: 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE
D: 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE
ヘテロ分子

C: 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE
D: 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE
ヘテロ分子

C: 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE
D: 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,86412
ポリマ－200,8216
非ポリマー3,0436
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)84.721, 84.721, 321.613
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質
2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE


分子量: 33470.184 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)
株: HB8 / プラスミド: PET11A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q53W83*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: VAPOUR-DIFFUSION SITTING DROP, AT 298 K. 10.0 MG/ML OF PROTEIN SOLUTION CONTAINING 5 MM ATP WAS MIXED WITH RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 0.35 M AMMONIUM SULFATE AND 0.1 M TRIS-HCL BUFFER, PH ...詳細: VAPOUR-DIFFUSION SITTING DROP, AT 298 K. 10.0 MG/ML OF PROTEIN SOLUTION CONTAINING 5 MM ATP WAS MIXED WITH RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 0.35 M AMMONIUM SULFATE AND 0.1 M TRIS-HCL BUFFER, PH 8.5. BEFORE THE DATA COLLECTION THE CRYSTAL WAS SOAKED IN SOLUTION CONTAINING 0.35 M MAGNESIUM CHLORIDE INSTEAD OF AMMONIUM SULFATE. THE CRYOPROTECTANT CONTAINED 33% OF ETHYLENE GLYCOL IN ADDITION TO MAGNESIUM CHLORIDE, BUFFER AND ATP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1
検出器タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE R-AXISV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 36923 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(I): -0.4 / 冗長度: 2.41 % / Biso Wilson estimate: 20.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 9.93
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.284 / Mean I/σ(I) obs: 1.78 / % possible all: 87.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1V19

1v19


解像度: 2.6→29.46 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 438892.37 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: CRYSTAL IS WITH HEMIHEDRAL TWINNING, TWINNING OPERATOR IS "H, -H-K, -L", TWINNING FRACTION IS 0.5
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2658 1628 4.1 %RANDOM
Rwork0.1779 ---
obs0.1779 34007 85.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 60.3762 Å2 / ksol: 0.346608 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 46.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.374 Å2-3.61 Å20 Å2
2---0.374 Å20 Å2
3---0.747 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.57 Å0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9156 0 124 93 9373
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.88
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.621.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.782
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.032
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.232.5
Refine LS restraints NCSRms dev position: 300 Å
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 160 4.02 %
Rwork0.2668 2822 -
obs--74.89 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ATP.PARATP.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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