PDB-1v16: CROSSTALK BETWEEN COFACTOR BINDING AND THE PHOSPHORYLATION LOOP C...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1v16

タイトル

CROSSTALK BETWEEN COFACTOR BINDING AND THE PHOSPHORYLATION LOOP CONFORMATION IN THE BCKD MACHINE

要素

(2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE ...) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / KETOACID DEHYDROGENASE / BRANCHED-CHAIN / MULTI-ENZYME COMPLEX / ACYLATION / OXIDATIVE DECARBOXYLATION MAPLE SYRUP URINE DISEASE / THIAMINE DIPHOSPHATE / PHOSPHORYLATION / FLAVOPROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

Loss-of-function mutations in BCKDHA or BCKDHB cause MSUD / 3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (2-methylpropanoyl-transferring) / branched-chain 2-oxo acid dehydrogenase activity / branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase complex / BCKDH synthesizes BCAA-CoA from KIC, KMVA, KIV / Loss-of-function mutations in DBT cause MSUD2 / Loss-of-function mutations in DLD cause MSUD3/DLDD / H139Hfs13* PPM1K causes a mild variant of MSUD / Branched-chain ketoacid dehydrogenase kinase deficiency / branched-chain amino acid catabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Li, J. / Wynn, R.M. / Machius, M. / Chuang, J.L. / Karthikeyan, S. / Tomchick, D.R. / Chuang, D.T.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Cross-Talk between Thiamin Diphosphate Binding and Phosphorylation Loop Conformation in Human Branched-Chain {Alpha}-Keto Acid Decarboxylase/Dehydrogenase
著者: Li, J. / Wynn, R.M. / Machius, M. / Chuang, J.L. / Karthikeyan, S. / Tomchick, D.R. / Chuang, D.T.

履歴

登録	2004年4月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2004年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2019年5月15日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2019年9月25日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other / カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 2.0	2021年8月4日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 2.1	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb1v16.ent.gz	134.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	1v16_validation.pdf.gz	784.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1v16_full_validation.pdf.gz	792 KB	表示
XML形式データ	1v16_validation.xml.gz	33.1 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/1v16 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/1v16	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1v11C 1v1mC 1v1rC 1olsS 1dtw 1olu 1olx S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1v11-1 1x7x-1 1x80-1 2bfc-1 1dtw-1 1x7y-1 2bfd-1 1olu-1 2bfe-1 1um9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (10) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (6) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (2) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE ALPHA SUBUNIT

B: 2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE BETA SUBUNIT

ヘテロ分子

84.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE ALPHA SUBUNIT

B: 2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE BETA SUBUNIT

ヘテロ分子

A: 2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE ALPHA SUBUNIT

B: 2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE BETA SUBUNIT

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
169 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	145.397, 145.397, 69.104
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-2094- HOH

-
2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE ALPHA SUBUNIT / MITOCHONDRIAL PRECURSOR / BRANCHED-CHAIN ALPHA-KETO ACID DEHYDROGENASE E1 / COMPONENT ALPHA CHAIN / ...MITOCHONDRIAL PRECURSOR / BRANCHED-CHAIN ALPHA-KETO ACID DEHYDROGENASE E1 / COMPONENT ALPHA CHAIN / BCKDH E1-ALPHA / BCKDE1A 分子量: 45488.031 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) 解説: EXPRESSION SYSTEM USED BL-21 CELLS WITH OVEREXPRESSING GROEL AND GROES プラスミド: PTRC-ALPHA-BETAHIS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 参照: UniProt: P12694, 3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (2-methylpropanoyl-transferring)
#2: タンパク質	2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE BETA SUBUNIT / MITOCHONDRIAL PRECURSOR / BRANCHED-CHAIN ALPHA-KETO ACID DEHYDROGENASE E1 / COMPONENT BETA CHAIN / ...MITOCHONDRIAL PRECURSOR / BRANCHED-CHAIN ALPHA-KETO ACID DEHYDROGENASE E1 / COMPONENT BETA CHAIN / BCKDH E1-BETA 分子量: 37902.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) 解説: EXPRESSION SYSTEM USED BL-21 CELLS WITH OVEREXPRESSING GROEL AND GROES プラスミド: PTRC-ALPHA-BETAHIS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 参照: UniProt: P21953, 3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (2-methylpropanoyl-transferring)

#1: タンパク質

2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE ALPHA SUBUNIT / MITOCHONDRIAL PRECURSOR / BRANCHED-CHAIN ALPHA-KETO ACID DEHYDROGENASE E1 / COMPONENT ALPHA CHAIN / ...

分子量: 45488.031 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

HOMO SAPIENS (ヒト)
解説: EXPRESSION SYSTEM USED BL-21 CELLS WITH OVEREXPRESSING GROEL AND GROES
プラスミド: PTRC-ALPHA-BETAHIS / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21
参照: UniProt: P12694, 3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (2-methylpropanoyl-transferring)

#2: タンパク質

2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE BETA SUBUNIT / MITOCHONDRIAL PRECURSOR / BRANCHED-CHAIN ALPHA-KETO ACID DEHYDROGENASE E1 / COMPONENT BETA CHAIN / ...

分子量: 37902.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

HOMO SAPIENS (ヒト)
解説: EXPRESSION SYSTEM USED BL-21 CELLS WITH OVEREXPRESSING GROEL AND GROES
プラスミド: PTRC-ALPHA-BETAHIS / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21
参照: UniProt: P21953, 3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (2-methylpropanoyl-transferring)

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非ポリマー , 7種, 583分子

#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸分子量: 425.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₄O₇P₂S
#7: 化合物	ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン分子量: 120.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈N₂
#8: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 571 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

構成要素の詳細	ENGINEERED MUTATION IN CHAIN A, PHE 345 TO TYR FUNCTION: THE BRANCHED-CHAIN ALPHA-KETO ...ENGINEERED MUTATION IN CHAIN A, PHE 345 TO TYR FUNCTION: THE BRANCHED-CHAIN ALPHA-KETO DEHYDROGENASE COMPLEX CATALYZES THE OVERALL CONVERSION OF ALPHA-KETO ACIDS TO ACYL-COA AND CO(2).

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 20C VIA THE VAPOR DIFFUSION METHOD BY MIXING EQUAL AMOUNTS OF PROTEIN (20-25 MG/ML IN 50 MM HEPES/NAOH, PH 7.5, 250 MM KCL, 0.5 MM PMSF, 1 MM BENZAMIDINE AND 5% (V/V) ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 20C VIA THE VAPOR DIFFUSION METHOD BY MIXING EQUAL AMOUNTS OF PROTEIN (20-25 MG/ML IN 50 MM HEPES/NAOH, PH 7.5, 250 MM KCL, 0.5 MM PMSF, 1 MM BENZAMIDINE AND 5% (V/V) GLYCEROL) WITH WELL SOLUTION (1.4-1.6 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M NA-CITRATE PH 5.8, 20 MM B-MERCAPTOETHANOL). SERIALLY DILUTED CRUSHED CRYSTALS WERE USED FOR MICRO-SEEDING ONE DAY AFTER THE DROPS WERE SET UP. CRYSTALS APPEARED ONE DAY AFTER SEEDING AND GREW TO A MAXIMUM SIZE OF 120 X 800 UM WITHIN 10 DAYS. CRYSTALS WERE STABILIZED FOR 12 HOURS BY TRANSFER TO FRESH WELL SOLUTION. THEY WERE THEN CRYO-PROTECTED BY STEP-WISE TRANSFER INTO CRYO-BUFFER CONTAINING 1.6 M AMMONIUM SULFATE, 50 MM HEPES, PH 7.5, 100 MM NA-CITRATE, PH 5.8, 100 MM KCL, 50 MM DTT AND UP TO 20% (V/V) GLYCEROL. IT WAS FOUND THAT MN2+ IONS COULD REPLACE THE MG2+ REQUIRED FOR THE BINDING OF THDP TO THE ENZYME.

結晶

マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.4 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 20C VIA THE VAPOR DIFFUSION METHOD BY MIXING EQUAL AMOUNTS OF PROTEIN (20-25 MG/ML IN 50 MM HEPES/NAOH, PH 7.5, 250 MM KCL, 0.5 MM PMSF, 1 MM BENZAMIDINE AND 5% (V/V) ...

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.00691
検出器	検出器: CCD / 日付: 2003年7月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00691 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→35.87 Å / Num. obs: 65864 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 20.4
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.635 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OLS

1ols

解像度: 1.9→33.33 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 2.155 / SU ML: 0.063 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17	1540	2.3 %	RANDOM
R_work	0.131	-	-	-
obs	0.132	64317	99.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.28 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	-0.01 Å²	0 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→33.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5596	0	60	571	6227

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.021	5851
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	5198
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.638	1.953	7935
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.928	3	12102
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.074	5	717
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.116	0.2	838
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	6580
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.011	0.02	1242
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	1231
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.248	0.2	6104
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	3245
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	426
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.103	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.172	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.297	0.2	262
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.196	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.978	1.5	3568
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.772	2	5759
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.902	3	2283
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.783	4.5	2176
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.225	107
R_work	0.181	4766

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3283	-0.0049	-0.3537	-0.2037	-0.6588	0.4223	-0.0012	-0.0459	0.0271	-0.0647	0.0799	0.233	-0.1174	-0.0827	-0.0787	0.0357	-0.0063	0.01	0.0343	0.0156	0.0517	48.6122	-6.4209	31.7324
2	0.1387	-0.0288	0.0339	0.0575	-0.0449	0.1784	0.0089	0.0165	0.0007	-0.0024	0.0077	0.012	-0.0295	-0.0173	-0.0166	0.042	0.01	-0.0018	0.0207	0.0005	0.0374	65.0069	16.7061	5.9611
3	0.1935	-0.2733	-0.039	0.1621	-0.0568	-0.032	0.0031	0.0175	0.0533	-0.0125	-0.0165	-0.0435	-0.0679	0.048	0.0134	0.0354	-0.033	0.0111	0.0416	0.0092	0.039	101.533	18.6544	7.1441
4	-3.3256	-7.561	-1.3509	11.8048	1.3842	4.1613	0.0826	0.1721	0.0058	0.4175	0.2029	-0.2511	-0.13	-0.0832	-0.2855	0.0373	-0.0001	-0.0003	0.0373	0	0.0373	100.2132	3.0272	50.5544
5	0.0518	0.0029	0.009	0.0582	-0.0567	0.1964	0.0078	0.0006	0.0066	0.0169	-0.0062	-0.0025	-0.0313	0.02	-0.0016	0.0465	-0.0096	-0.0004	0.0237	-0.0108	0.0384	84.3782	12.3761	34.9359
6	0.1234	-0.0223	-0.0166	0.1816	0.0003	0.164	0.0005	-0.021	-0.0015	0.0314	-0.01	-0.0445	-0.0075	0.0685	0.0095	0.0203	-0.0135	-0.0203	0.0507	-0.003	0.0358	106.8254	3.7135	37.5206

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 30
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	31 - 355
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	356 - 400
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1002 - 1007
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1014 - 1191
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1192 - 1342

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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