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- PDB-1v04: serum paraoxonase by directed evolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1v04
タイトルserum paraoxonase by directed evolution
要素SERUM PARAOXONASE/ARYLESTERASE 1
キーワードHYDROLASE / PARAOXONASE / DIRECTED EVOLUTION / ANTIOXIDANT / ISRAEL STRUCTURAL PROTEOMICS CENTER / ISPC / STRUCTURAL GENOMICS
機能・相同性
機能・相同性情報


response to organophosphorus / quorum-quenching N-acyl-homoserine lactonase / acyl-L-homoserine-lactone lactonohydrolase activity / arylesterase / aryldialkylphosphatase / aryldialkylphosphatase activity / high-density lipoprotein particle / antioxidant activity / arylesterase activity / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Arylesterase / Paraoxonase1 / : / Arylesterase / TolB, C-terminal domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / : / Serum paraoxonase/arylesterase 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
RATTUS RATTUS (エジプトネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Harel, M. / Aharoni, A. / Gaidukov, L. / Brumshtein, B. / Khersonsky, O. / Yagur, S. / Meged, R. / Dvir, H. / Ravelli, R.B.G. / McCarthy, A. ...Harel, M. / Aharoni, A. / Gaidukov, L. / Brumshtein, B. / Khersonsky, O. / Yagur, S. / Meged, R. / Dvir, H. / Ravelli, R.B.G. / McCarthy, A. / Toker, L. / Silman, I. / Sussman, J.L. / Tawfik, D.S.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Structure and Evolution of the Serum Paraoxonase Family of Detoxifying and Anti-Atherosclerotic Enzymes
著者: Harel, M. / Aharoni, A. / Gaidukov, L. / Brumshtein, B. / Khersonsky, O. / Meged, R. / Dvir, H. / Ravelli, R.B.G. / Mccarthy, A. / Toker, L. / Silman, I. / Sussman, J.L. / Tawfik, D.S.
履歴
登録2004年3月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月22日Group: Source and taxonomy
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SERUM PARAOXONASE/ARYLESTERASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7794
ポリマ－39,6041
非ポリマー1753
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)98.440, 98.440, 139.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 SERUM PARAOXONASE/ARYLESTERASE 1 / A-ESTERASE 1 / SERUM ARYLDIALKYLPHOSPHATASE 1 / PON1 / AROMATIC ESTERASE 1


分子量: 39603.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PARAOXONASE-1 (PON1)
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト), (組換発現) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ), (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ), (組換発現) RATTUS RATTUS (エジプトネズミ)
解説: FROM SHUFFLED GENES OF HUMAN, RABBIT, MOUSE AND RAT PARAOXONASE
プラスミド: PET 32B(+) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ORIGAMI B (DE3)
参照: GenBank: 40850540, UniProt: P27170*PLUS, arylesterase, aryldialkylphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 %
結晶化pH: 4.6
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M AMMONIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE, pH 4.60

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9796, 0.9794
検出器日付: 2003年12月15日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97961
20.97941
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 33505 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2→20 Å / SU B: 4.256 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.139
詳細: THE FOLLOWING RESIDUES WERE NOT SEEN IN THE ELECTRON DENSITY: A1-A15, A72-A79
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 1767 5 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.186 33505 99.74 %-
原子変位パラメータBiso mean: 38.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.56 Å20 Å20 Å2
2---0.56 Å20 Å2
3---1.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2634 0 7 115 2756

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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