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- PDB-1uzd: Chlamydomonas,Spinach Chimeric Rubisco -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uzd
タイトルChlamydomonas,Spinach Chimeric Rubisco
要素(Ribulose bisphosphate carboxylase ...) x 2
キーワードLYASE / RUBISCO / PHOTOSYNTHESIS / CARBON DIOXIDE FIXATION / PHOTORESPIRATION / OXIDOREDUCTASE / MONOOXYGENASE / CHLOROPLAST / TRANSIT PEPTIDE / MULTIGENE FAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


photorespiration / ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / chloroplast / monooxygenase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit, N-terminal / Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain ...Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit, N-terminal / Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I / Ribulose bisphosphate carboxylase, large chain, active site / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain active site. / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / RuBisCO / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily / RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain / Alpha-Beta Plaits / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic 1 / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic 2
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Karkehabadi, S. / Spreitzer, R.J. / Andersson, I.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Chimeric Small Subunits Influence Catalysis without Causing Global Conformational Changes in the Crystal Structure of Ribulose-1,5-Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase
著者: Karkehabadi, S. / Peddi, S.R. / Anwaruzzaman, M. / Taylor, T.C. / Cederlund, A. / Genkov, T. / Andersson, I. / Spreitzer, R.J.
履歴
登録2004年3月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42019年12月4日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / entity_src_nat / pdbx_database_status / pdbx_struct_mod_residue / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.details / _entity.pdbx_description ..._entity.details / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity.src_method / _entity_name_com.name / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_mod_residue.details / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_ref_seq.ref_id / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.details / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
B: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
C: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 1, chloroplastic,Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 2, chloroplastic,Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 1, chloroplastic
E: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
F: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 1, chloroplastic,Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 2, chloroplastic,Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 1, chloroplastic
H: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
I: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 1, chloroplastic,Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 2, chloroplastic,Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 1, chloroplastic
J: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 1, chloroplastic,Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 2, chloroplastic,Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 1, chloroplastic
K: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
M: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 1, chloroplastic,Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 2, chloroplastic,Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 1, chloroplastic
O: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
P: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 1, chloroplastic,Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 2, chloroplastic,Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 1, chloroplastic
R: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
T: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 1, chloroplastic,Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 2, chloroplastic,Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 1, chloroplastic
V: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
W: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 1, chloroplastic,Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 2, chloroplastic,Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 1, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)553,73886
ポリマ－547,34316
非ポリマー6,39570
水34,0661891
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)220.014, 224.078, 111.725
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.9447, 0.3198, 0.07214), (0.3198, -0.9474, 0.01178), (0.07211, 0.01194, -0.9973)-13.04, 67.49, 51.69
2given(-0.3208, 0.9471, 0.003269), (0.9471, 0.3208, 0.003249), (0.002028, 0.004139, -1)43.13, -31.23, 56.75
3given(-0.9472, -0.3203, 0.01054), (-0.3203, 0.9449, -0.06715), (0.01155, -0.06698, -0.9977)141.89999, 25.25, 59.24
4given(-0.001938, 0.9976, -0.06864), (-0.9999, -0.002908, -0.01403), (-0.0142, 0.0686, 0.9975)22.02, 111.6, -2.154
5given(0.008612, -0.9999, -0.0149), (0.9976, 0.007575, 0.06828), (-0.06816, -0.01546, 0.9976)111.1, -22.13, 5.268
6given(-0.9965, -0.006193, -0.08382), (0.001507, -0.9984, 0.05585), (-0.08404, 0.05553, 0.9949)133.39999, 89.54, 3.158
7given(0.3219, -0.9435, 0.07911), (-0.9433, -0.3267, -0.05775), (0.08033, -0.05604, -0.9952)85.28, 124, 54.15
8given(0.9424, 0.3265, 0.07281), (0.3268, -0.9451, 0.008759), (0.07167, 0.01554, -0.9973)-13.24, 67.14, 51.56
9given(-0.3227, 0.9465, 0.002013), (0.9465, 0.3227, 0.000834), (0.00014, 0.002175, -1)43.32, -31.17, 56.9
10given(-0.9464, -0.3227, 0.01548), (-0.3229, 0.9439, -0.069), (0.007651, -0.0703, -0.9975)141.89999, 25.55, 59.76
11given(-0.000736, 0.9975, -0.07039), (-0.9999, -0.001476, -0.01046), (-0.01054, 0.07038, 0.9975)22.04, 111.4, -2.446
12given(0.002121, -0.9999, -0.01548), (0.9974, 0.000993, 0.07247), (-0.07245, -0.01559, 0.9973)111.5, -21.92, 5.545
13given(-0.9967, -0.001846, -0.08138), (-0.002854, -0.9983, 0.05759), (-0.08135, 0.05763, 0.995)133.10001, 89.83, 2.803
14given(0.3225, -0.9433, 0.07878), (-0.9432, -0.3272, -0.05743), (0.07995, -0.05579, -0.9952)85.22, 124.1, 54.2
詳細FOR THE HETERO-ASSEMBLY DESCRIBED BY REMARK 350

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要素

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Ribulose bisphosphate carboxylase ... , 2種, 16分子 ABEHKORVCFIJMPTW

#1: タンパク質
Ribulose bisphosphate carboxylase large chain / RuBisCO large subunit


分子量: 52696.840 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A218N8A3, UniProt: P00877*PLUS, ribulose-bisphosphate carboxylase
#2: タンパク質
Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 1, chloroplastic,Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 2, chloroplastic,Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 1, chloroplastic / RuBisCO small subunit 2 / RuBisCO small subunit 1


分子量: 15721.088 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: ONE LOOP OF CHLAMYDOMONAS RUBISCO, RESIDUES GLU46-ASN70 HAS BEEN REPLACED WITH THE CORRESPONDING LOOP FROM SPINACH RUBISCO, RESIDUES THR46 - GLY64,ONE LOOP OF CHLAMYDOMONAS RUBISCO, RESIDUES ...詳細: ONE LOOP OF CHLAMYDOMONAS RUBISCO, RESIDUES GLU46-ASN70 HAS BEEN REPLACED WITH THE CORRESPONDING LOOP FROM SPINACH RUBISCO, RESIDUES THR46 - GLY64,ONE LOOP OF CHLAMYDOMONAS RUBISCO, RESIDUES GLU46-ASN70 HAS BEEN REPLACED WITH THE CORRESPONDING LOOP FROM SPINACH RUBISCO, RESIDUES THR46 - GLY64
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス), (組換発現) Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
遺伝子: RBCS-1, CHLRE_02g120100v5, CHLREDRAFT_82986, RBCS2
発現宿主: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P00873, UniProt: Q43832, ribulose-bisphosphate carboxylase

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糖 , 1種, 8分子

#4: 糖
ChemComp-CAP / 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / 2-カルボキシ-D-アラビニト-ル1,5-ビスりん酸


タイプ: saccharide / 分子量: 356.115 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O13P2

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非ポリマー , 3種, 1953分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1891 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細RUBISCO CATALYZES TWO REACTIONS: THE CARBOXYLATION OF D- RIBULOSE 1,5-BISPHOSPHATE, THE PRIMARY ...RUBISCO CATALYZES TWO REACTIONS: THE CARBOXYLATION OF D- RIBULOSE 1,5-BISPHOSPHATE, THE PRIMARY EVENT IN PHOTOSYNTHETIC CARBON DIOXIDE FIXATION, AS WELL AS THE OXIDATIVE FRAGMENTATION OF THE PENTOSE SUBSTRATE IN THE PHOTORESPIRATION PROCESS. BOTH REACTIONS OCCUR SIMULTANEOUSLY AND IN COMPETITION AT THE SAME ACTIVE SITE.
配列の詳細THE SMALL SUBUNIT LOOP BA-BB OF CHLAMYDOMONAS RUBISCO, (RESIDUES 46 - 70 ;EADKAYVSNESAIRFGSVSCLYYDN) ...THE SMALL SUBUNIT LOOP BA-BB OF CHLAMYDOMONAS RUBISCO, (RESIDUES 46 - 70 ;EADKAYVSNESAIRFGSVSCLYYDN) IS 6 RESIDUES LONGER THAN THE CORRESPONDING LOOP OF SPINACH RUBISCO ( RESIDUES 46 - 64; TDHGFVYREHHNSPGYYDG. THE REPLACEMENT OF CHLMYDOMONAS RUBISCO LOOP WITH SPINACH RUBISCO LOOP AFFECTS THE NUMBERING OF THE SMALL SUBUNIT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.11 %
結晶化温度: 291 K / pH: 7.5
詳細: 50 MM HEPES PH 7.5, 8-12% PEG 4 50 MM NAHCO3, 5 MM MGCL2, 50 UM 2-CABP, 18 DEG C, 10-15 MG PROTEIN

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9762
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 215895 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 29.8 % / Rmerge(I) obs: 0.185 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / Rmerge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GK8

1gk8


解像度: 2.4→50 Å / SU B: 8.838 / SU ML: 0.197 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.54 / ESU R Free: 0.264
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 10097 5 %RANDOM
Rwork0.1884 ---
obs0.19 190692 93.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 20.921 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.93 Å20 Å20 Å2
2--0.29 Å20 Å2
3----1.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数37624 0 392 1891 39907

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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