[日本語] English
万見
- PDB-1uyp: The three-dimensional structure of beta-fructosidase (invertase) ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uyp
タイトルThe three-dimensional structure of beta-fructosidase (invertase) from Thermotoga maritima
要素BETA-FRUCTOSIDASE
キーワードHYDROLASE / INVERTASE / GLYCOSYL HYDROLASE FAMILY 32 / SUCROSE DEGRADATION / BETA-PROPELLER
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-fructofuranosidase activity / beta-fructofuranosidase / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Glycoside hydrolase, family 32, active site / Glycosyl hydrolases family 32 active site. / Glycosyl hydrolase family 32, C-terminal / Glycosyl hydrolases family 32 C terminal / Exo-inulinase; domain 1 / Glycoside hydrolase, family 32 / Glycosyl hydrolase family 32, N-terminal / Glycosyl hydrolases family 32 N-terminal domain / Glycosyl hydrolases family 32 ...: / Glycoside hydrolase, family 32, active site / Glycosyl hydrolases family 32 active site. / Glycosyl hydrolase family 32, C-terminal / Glycosyl hydrolases family 32 C terminal / Exo-inulinase; domain 1 / Glycoside hydrolase, family 32 / Glycosyl hydrolase family 32, N-terminal / Glycosyl hydrolases family 32 N-terminal domain / Glycosyl hydrolases family 32 / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Beta-fructosidase
類似検索 - 構成要素
生物種THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Alberto, F. / Bignon, C. / Sulzenbacher, G. / Henrissat, B. / Czjzek, M.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2004
タイトル: The three-dimensional structure of invertase (beta-fructosidase) from Thermotoga maritima reveals a bimodular arrangement and an evolutionary relationship between retaining and inverting glycosidases.
著者: Alberto, F. / Bignon, C. / Sulzenbacher, G. / Henrissat, B. / Czjzek, M.
履歴
登録2004年3月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2004年3月22日ID: 1UTW
改定 1.02004年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年6月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / diffrn_radiation / refine
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol / _refine.pdbx_method_to_determine_struct
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: BETA-FRUCTOSIDASE
B: BETA-FRUCTOSIDASE
C: BETA-FRUCTOSIDASE
D: BETA-FRUCTOSIDASE
E: BETA-FRUCTOSIDASE
F: BETA-FRUCTOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)301,43028
ポリマ－299,3176
非ポリマー2,11322
水31,6341756
1
A: BETA-FRUCTOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4827
ポリマ－49,8861
非ポリマー5956
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: BETA-FRUCTOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3636
ポリマ－49,8861
非ポリマー4765
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: BETA-FRUCTOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2665
ポリマ－49,8861
非ポリマー3804
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: BETA-FRUCTOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9782
ポリマ－49,8861
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
5
E: BETA-FRUCTOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0743
ポリマ－49,8861
非ポリマー1882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
6
F: BETA-FRUCTOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2665
ポリマ－49,8861
非ポリマー3804
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)94.480, 114.670, 130.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.96, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1113A17 - 28
2113B17 - 28
3113C17 - 28
4113D17 - 28
5113E17 - 28
6113F17 - 28
1213A31 - 39
2213B31 - 39
3213C31 - 39
4213D31 - 39
5213E31 - 39
6213F31 - 39
1313A49 - 55
2313B49 - 55
3313C49 - 55
4313D49 - 55
5313E49 - 55
6313F49 - 55
1413A62 - 68
2413B62 - 68
3413C62 - 68
4413D62 - 68
5413E62 - 68
6413F62 - 68
1513A75 - 85
2513B75 - 85
3513C75 - 85
4513D75 - 85
5513E75 - 85
6513F75 - 85
1613A88 - 94
2613B88 - 94
3613C88 - 94
4613D88 - 94
5613E88 - 94
6613F88 - 94
1713A106 - 114
2713B106 - 114
3713C106 - 114
4713D106 - 114
5713E106 - 114
6713F106 - 114
1813A120 - 133
2813B120 - 133
3813C120 - 133
4813D120 - 133
5813E120 - 133
6813F120 - 133
1913A137 - 148
2913B137 - 148
3913C137 - 148
4913D137 - 148
5913E137 - 148
6913F137 - 148
11013A151 - 160
21013B151 - 160
31013C151 - 160
41013D151 - 160
51013E151 - 160
61013F151 - 160
11113A164 - 172
21113B164 - 172
31113C164 - 172
41113D164 - 172
51113E164 - 172
61113F164 - 172
11213A178 - 187
21213B178 - 187
31213C178 - 187
41213D178 - 187
51213E178 - 187
61213F178 - 187
11313A194 - 201
21313B194 - 201
31313C194 - 201
41313D194 - 201
51313E194 - 201
61313F194 - 201
11413A204 - 211
21413B204 - 211
31413C204 - 211
41413D204 - 211
51413E204 - 211
61413F204 - 211
11513A216 - 224
21513B216 - 224
31513C216 - 224
41513D216 - 224
51513E216 - 224
61513F216 - 224
11613A229 - 236
21613B229 - 236
31613C229 - 236
41613D229 - 236
51613E229 - 236
61613F229 - 236
11713A244 - 248
21713B244 - 248
31713C244 - 248
41713D244 - 248
51713E244 - 248
61713F244 - 248
11813A255 - 260
21813B255 - 260
31813C255 - 260
41813D255 - 260
51813E255 - 260
61813F255 - 260
11913A285 - 290
21913B285 - 290
31913C285 - 290
41913D285 - 290
51913E285 - 290
61913F285 - 290
12013A293 - 298
22013B293 - 298
32013C293 - 298
42013D293 - 298
52013E293 - 298
62013F293 - 298
12113A306 - 313
22113B306 - 313
32113C306 - 313
42113D306 - 313
52113E306 - 313
62113F306 - 313
12213A317 - 320
22213B317 - 320
32213C317 - 320
42213D317 - 320
52213E317 - 320
62213F317 - 320
12313A328 - 343
22313B328 - 343
32313C328 - 343
42313D328 - 343
52313E328 - 343
62313F328 - 343
12413A348 - 354
22413B348 - 354
32413C348 - 354
42413D348 - 354
52413E348 - 354
62413F348 - 354
12513A357 - 361
22513B357 - 361
32513C357 - 361
42513D357 - 361
52513E357 - 361
62513F357 - 361
12613A362 - 376
22613B362 - 376
32613C362 - 376
42613D362 - 376
52613E362 - 376
62613F362 - 376
12713A386 - 390
22713B386 - 390
32713C386 - 390
42713D386 - 390
52713E386 - 390
62713F386 - 390
12813A393 - 398
22813B393 - 398
32813C393 - 398
42813D393 - 398
52813E393 - 398
62813F393 - 398
12913A402 - 407
22913B402 - 407
32913C402 - 407
42913D402 - 407
52913E402 - 407
62913F402 - 407
13013A416 - 432
23013B416 - 432
33013C416 - 432
43013D416 - 432
53013E416 - 432
63013F416 - 432

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1, -0.000162, 0.000216), (0.000162, 1, -9.5E-5), (-0.000216, 9.5E-5, 1)-0.01542, 0.00795, 0.00113
2given(1, 0.000225, 0.000693), (-0.000226, 1, 0.000365), (-0.000693, -0.000365, 1)-0.01318, -0.01009, 0.00019
3given(1, -7.8E-5, -2.8E-5), (7.8E-5, 1, -0.00014), (2.8E-5, 0.00014, 1)-0.00112, -0.00564, -0.00032
4given(1, 0.000842, 0.000187), (-0.000842, 1, 0.000408), (-0.000186, -0.000408, 1)0.01214, -0.00274, -0.0048
5given(1, -8.4E-5, -0.000585), (8.5E-5, 1, 0.000412), (0.000585, -0.000412, 1)-0.03445, 0.02662, 0.0063

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
BETA-FRUCTOSIDASE


分子量: 49886.191 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア)
株: MSB8 / 解説: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM 3109) / プラスミド: PDEST17 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O33833, beta-fructofuranosidase

-
非ポリマー , 5種, 1778分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1756 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

構成要素の詳細CATALYSES HYDROLYSIS OF TERMINAL NON-REDUCING BETA-D- FRUCTOFURANOSIDE RESIDUES IN BETA-D-FRUCTOFURANOSIDES.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化pH: 4.2
詳細: 15 % PEG 1000, 150 MM LI2SO4, 100 MM CITRATE PHOSPHATE BUFFER PH 4.2
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 4.2 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
115 %PEG10001drop
2150 mM1dropLi2SO4
3100 mMsodium citrate1droppH4.2
411 mg/mlprotein1drop
517 %PEG10001reservoir
650 mM1reservoirLi2SO4
71 %isopropanol1reservoir
8100 mMsodium citrate1reservoirpH4.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 197 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9792
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月15日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→34 Å / Num. obs: 184592 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.077
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.402 / Mean I/σ(I) obs: 2.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→129.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 2.695 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 10694 5 %RANDOM
Rwork0.177 ---
obs0.179 202520 99.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.4 Å20 Å20.92 Å2
2---0.11 Å20 Å2
3----1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→129.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21120 0 120 1756 22996
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.02121764
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0219114
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7421.94529453
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.001344578
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.44852586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1370.23096
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0224126
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.024632
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.23925
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2630.223750
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0940.213481
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1950.21306
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.3490.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2680.277
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2930.2250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1840.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9681.512864
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.868220850
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.81538900
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5884.58603
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1538tight positional0.090.05
2B1538tight positional0.070.05
3C1538tight positional0.070.05
4D1538tight positional0.070.05
5E1538tight positional0.060.05
6F1538tight positional0.080.05
1A2395loose positional0.545
2B2395loose positional0.65
3C2395loose positional0.665
4D2395loose positional0.485
5E2395loose positional0.495
6F2395loose positional0.635
1A1538tight thermal0.20.5
2B1538tight thermal0.170.5
3C1538tight thermal0.190.5
4D1538tight thermal0.170.5
5E1538tight thermal0.160.5
6F1538tight thermal0.180.5
1A2395loose thermal1.6910
2B2395loose thermal1.510
3C2395loose thermal1.6210
4D2395loose thermal1.3810
5E2395loose thermal1.5410
6F2395loose thermal1.4710
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.296 706
Rwork0.27 13649
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.176
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.027
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg2.24

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る