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- PDB-6pvg: Crystal structure of ligand free PhqK -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pvg
タイトルCrystal structure of ligand free PhqK
要素FAD monooxygenase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / monooxygenase / flavin
機能・相同性: / FAD-binding domain / FAD binding domain / 酸化還元酵素 / FAD binding / monooxygenase activity / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD-dependent monooxygenase phqK
機能・相同性情報
生物種Penicillium fellutanum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.709 Å
データ登録者Fraley, A.E. / Smith, J.L. / Sherman, D.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01 CA70375 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: Molecular Basis for Spirocycle Formation in the Paraherquamide Biosynthetic Pathway.
著者: Fraley, A.E. / Caddell Haatveit, K. / Ye, Y. / Kelly, S.P. / Newmister, S.A. / Yu, F. / Williams, R.M. / Smith, J.L. / Houk, K.N. / Sherman, D.H.
履歴
登録2019年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FAD monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1312
ポリマ－51,3451
非ポリマー7861
水7,206400
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.724, 84.210, 116.389
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 FAD monooxygenase


分子量: 51345.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Penicillium fellutanum (菌類) / 遺伝子: phqK / プラスミド: pKLD116 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: L0E4H0
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 400 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25% PEG 3350, 200 mM ammonium acetate, 100 mM Bis-Tris pH 5.5, 2% 2,2,2-trifluoroethanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月13日
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→47.88 Å / Num. obs: 630819 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 12.4 % / Net I/σ(I): 1.34
反射 シェル解像度: 1.71→1.77 Å / Num. unique obs: 4603

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.709→47.875 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.71
Rfactor反射数%反射
Rfree0.192 3820 3.96 %
Rwork0.1623 --
obs0.1635 96541 98.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 156.01 Å2 / Biso mean: 37.5218 Å2 / Biso min: 18.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.709→47.875 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3508 0 53 400 3961
Biso mean--25.59 46.33 -
残基数----445
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.7095-1.73110.42461120.4063282382
1.7311-1.75390.33361370.3348325993
1.7539-1.77790.3231330.2974334996
1.7779-1.80330.31321360.2653332496
1.8033-1.83020.27681380.2374346797
1.8302-1.85880.25741430.2228342199
1.8588-1.88930.23641430.2077344799
1.8893-1.92190.25651430.2049347299
1.9219-1.95680.2261390.20823449100
1.9568-1.99450.23191470.20483519100
1.9945-2.03520.21291450.17443433100
2.0352-2.07940.22341430.1723530100
2.0794-2.12780.18771440.16823440100
2.1278-2.1810.17951430.16853491100
2.181-2.240.24991440.17113484100
2.24-2.30590.21551450.17283496100
2.3059-2.38030.24831360.17123483100
2.3803-2.46540.27821410.17313477100
2.4654-2.56410.21881450.18083476100
2.5641-2.68080.23321500.17863482100
2.6808-2.82210.24011440.17933492100
2.8221-2.99890.16411400.16593508100
2.9989-3.23040.1931470.16393468100
3.2304-3.55540.15551440.14533480100
3.5554-4.06970.15271390.1313498100
4.0697-5.12640.13771500.11813479100
5.1264-47.8750.14421490.13443474100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.508-0.7070.47482.49381.22893.2966-0.04690.24330.5588-0.2130.1408-0.2729-0.41830.2072-0.11180.2431-0.03730.02210.22140.00980.262820.075329.723715.5092
20.56580.0284-0.1861.1798-0.96461.13720.0256-0.03050.00890.1537-0.0966-0.0542-0.08660.09170.10240.2099-0.0077-0.00580.222-0.02340.210814.987719.913229.1433
31.27120.9498-0.86611.8128-1.60232.3145-00.139-0.1569-0.3791-0.1935-0.08760.3491-0.07730.18980.28380.00440.01180.2924-0.05490.205511.742817.26258.0472
41.08260.4751-0.56670.8641-0.96521.09580.0396-0.03840.00550.06250.06850.119-0.0893-0.1435-0.11320.24960.01240.02580.216-0.00460.25272.46917.549334.2932
54.2054-0.22540.58921.29151.22023.2127-0.0837-0.1050.05720.0078-0.0151-0.0373-0.01270.02850.08450.17460.029-0.00780.17230.01570.184923.930118.181817.3856
61.60772.3551-1.5692.2577-2.21291.483-0.0555-0.0635-0.1588-0.0884-0.0587-0.11250.15460.0610.11920.2830.05060.06590.2780.02330.327120.50052.741126.2307
72.1983-0.5794-0.98691.5197-2.23515.3088-0.2645-0.0206-0.5556-0.385-0.06560.01040.93260.46170.29590.30870.05680.05290.2420.04590.319435.12158.805616.4243
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 37 )A4 - 37
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 38 through 149 )A38 - 149
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 150 through 187 )A150 - 187
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 188 through 309 )A188 - 309
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 310 through 350 )A310 - 350
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 351 through 408 )A351 - 408
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 409 through 448 )A409 - 448

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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