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万見
- PDB-1uyj: Clostridium perfringens epsilon toxin shows structural similarity... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uyj
タイトルClostridium perfringens epsilon toxin shows structural similarity with the pore forming toxin aerolysin
要素EPSILON-TOXIN
キーワードTOXIN / BETA PORE FORMING TOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 - #60 / Epsilon toxin / Proaerolysin, chain A, domain 3 / Aerolysin-like toxin / Clostridium epsilon toxin ETX/Bacillus mosquitocidal toxin MTX2 / Proaerolysin; Chain A, domain 3 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URANIUM ATOM / Epsilaon-toxin
類似検索 - 構成要素
生物種CLOSTRIDIUM PERFRINGENS (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Cole, A.R. / Gibert, M. / Poppoff, M. / Moss, D.S. / Titball, R.W. / Basak, A.K.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Clostridium Perfringens Epsilon-Toxin Shows Structural Similarity to the Pore-Forming Toxin Aerolysin
著者: Cole, A.R. / Gibert, M. / Popoff, M. / Moss, D.S. / Titball, R.W. / Basak, A.K.
履歴
登録2004年3月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_sheet.number_strands
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EPSILON-TOXIN
B: EPSILON-TOXIN
C: EPSILON-TOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,90415
ポリマ－99,0473
非ポリマー2,85612
水93752
1
A: EPSILON-TOXIN
ヘテロ分子

A: EPSILON-TOXIN
ヘテロ分子

A: EPSILON-TOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,19012
ポリマ－99,0473
非ポリマー2,1429
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_765-x+y+2,-x+1,z1
crystal symmetry operation2_645-y+1,x-y-1,z1
手法PQS
2
B: EPSILON-TOXIN
ヘテロ分子

B: EPSILON-TOXIN
ヘテロ分子

B: EPSILON-TOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,61818
ポリマ－99,0473
非ポリマー3,57015
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
手法PQS
3
C: EPSILON-TOXIN
ヘテロ分子

C: EPSILON-TOXIN
ヘテロ分子

C: EPSILON-TOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,90415
ポリマ－99,0473
非ポリマー2,85612
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)125.962, 125.962, 121.862
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2010-

HOH

21B-2012-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1, 0.018, -0.002), (-0.018, 1, -0.019), (0.002, 0.019, 1)-125.0723, 77.71906, -122.35224
2given(0.507, -0.862, 0.01), (-0.862, -0.507, 0.005), (0.001, -0.011, -1)-2.06325, 143.94244, 166.96523
詳細ALTHOUGH IN THE CRYSTAL THE MOLECULE IS A TRIMER THISIS CRYSTALLOGRAPHIC AND NOT RELEVANT BIOLOGICALLY

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要素

#1: タンパク質 EPSILON-TOXIN


分子量: 33015.793 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) CLOSTRIDIUM PERFRINGENS (ウェルシュ菌)
Variant: TOXINOTYPE D / 参照: UniProt: Q57398
#2: 化合物
ChemComp-U1 / URANIUM ATOM / ウラン


分子量: 238.029 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: U
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.6 %
結晶化pH: 7 / 詳細: 25% ETHYLENE GLYCOL, pH 7.00

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.77, 1.653, 0.885
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.771
21.6531
30.8851
反射解像度: 2.6→55.9 Å / Num. obs: 33253 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.91 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 10.0438
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 8.85 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXD位相決定
SHARP位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→50 Å / SU B: 12.163 / SU ML: 0.261 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.342
詳細: THE N-TERMINAL 15 RESIDUES ARE DISORDERED, RESIDUES 273 - 279 APPEARED DISORDERED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29006 1683 5 %RANDOM
Rwork0.23631 ---
obs0.23905 31967 98.34 %-
原子変位パラメータBiso mean: 45.909 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.16 Å20.58 Å20 Å2
2--1.16 Å20 Å2
3----1.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6256 0 12 52 6320

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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