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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uxq
タイトルStructural basis for allosteric regulation and substrate specificity of the non-phosphorylating glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPN) from Thermoproteus tenax
要素GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE (NADP+)
キーワードOXIDOREDUCTASE / GAPN / ALDH / GLUCOSE 1-PHOSPHATE / GLYCOLYSIS / REGULATION / CATALYSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase [NAD(P)+] / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) (non-phosphorylating) activity / lactaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / NAD binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal ...: / : / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NAD(P)-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種THERMOPROTEUS TENAX (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Lorentzen, E. / Hensel, R. / Pohl, E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Structural Basis of Allosteric Regulation and Substrate Specificity of the Non-Phosphorylating Glyceraldehyde 3-Phosphate Dehydrogenase from Thermoproteus Tenax
著者: Lorentzen, E. / Hensel, R. / Knura, T. / Ahmed, H. / Pohl, E.
履歴
登録2004年3月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE (NADP+)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2454
ポリマ－54,2181
非ポリマー1,0273
水6,431357
1
A: GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE (NADP+)
ヘテロ分子

A: GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE (NADP+)
ヘテロ分子

A: GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE (NADP+)
ヘテロ分子

A: GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE (NADP+)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,98016
ポリマ－216,8734
非ポリマー4,10612
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation9_555-x,-x+y,-z+1/31
crystal symmetry operation4_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/31
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)185.080, 185.080, 132.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質 GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE (NADP+)


分子量: 54218.367 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GLUCOSE 1-PHOSPHATE AND NADP(H) BOUND NONCOVALENTLY / 由来: (組換発現) THERMOPROTEUS TENAX (古細菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O57693, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 糖 ChemComp-G1P / 1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / ALPHA-D-GLUCOSE-1-PHOSPHATE / 1-O-phosphono-alpha-D-glucose / 1-O-phosphono-D-glucose / 1-O-phosphono-glucose / グルコ-ス-1-りん酸


タイプ: D-saccharide / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13O9P
識別子タイププログラム
a-D-Glcp1PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED MUTATION LEU 378 PHE IN CHAIN A
配列の詳細SER 402 LEU IS DUE TO A SEQUENCING ERROR. THE AUTHORS INDICATE THAT THE SERINE REPORTED IN SWISS- ...SER 402 LEU IS DUE TO A SEQUENCING ERROR. THE AUTHORS INDICATE THAT THE SERINE REPORTED IN SWISS-PROT IS DUE TO A SEQUENCING ERROR.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6 Å3/Da / 溶媒含有率: 80 %
結晶化pH: 5.6
詳細: 2M SODIUM FORMATE PH 5.6, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 5.6, 1 MM GLUCOSE 1-PHOSPHATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8453
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8453 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 53432 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14 % / Biso Wilson estimate: 55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 35
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 0.223 / Mean I/σ(I) obs: 14 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KY8

1ky8


解像度: 2.4→30 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: RESIDUES 1-2 NOT MODELED, RESIDUES 499-501 AS ALANINES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 1323 2.5 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.21 51783 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.549 Å2-0.395 Å20 Å2
2--2.549 Å20 Å2
3----5.098 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3777 0 65 357 4199
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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