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万見
- PDB-1uwv: Crystal Structure of RumA, the iron-sulfur cluster containing E. ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uwv
タイトルCrystal Structure of RumA, the iron-sulfur cluster containing E. coli 23S Ribosomal RNA 5-Methyluridine Methyltransferase
要素23S RRNA (URACIL-5-)-METHYLTRANSFERASE RUMA
キーワードTRANSFERASE / METHYLTRANSFERASE / RNA MODIFICATION / IRON-SULFUR CLUSTER / RNA PROCESSING
機能・相同性
機能・相同性情報


23S rRNA (uracil1939-C5)-methyltransferase / rRNA (uridine-C5-)-methyltransferase activity / rRNA base methylation / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / iron ion binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
23S rRNA (uracil(1939)-C(5))-methyltransferase RlmD / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #1070 / RNA methyltransferase TrmA, active site / RNA methyltransferase TrmA, conserved site / RNA methyltransferase trmA family signature 1. / RNA methyltransferase trmA family signature 2. / (Uracil-5)-methyltransferase family / tRNA (Uracil-5-)-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase RNA m(5)U-type domain profile. / TRAM domain ...23S rRNA (uracil(1939)-C(5))-methyltransferase RlmD / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #1070 / RNA methyltransferase TrmA, active site / RNA methyltransferase TrmA, conserved site / RNA methyltransferase trmA family signature 1. / RNA methyltransferase trmA family signature 2. / (Uracil-5)-methyltransferase family / tRNA (Uracil-5-)-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase RNA m(5)U-type domain profile. / TRAM domain / TRAM domain / TRAM domain profile. / Nucleic acid-binding proteins / Vaccinia Virus protein VP39 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / PHOSPHATE ION / IRON/SULFUR CLUSTER / 23S rRNA (uracil(1939)-C(5))-methyltransferase RlmD
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Lee, T.T. / Agarwalla, S. / Stroud, R.M.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure of Ruma, an Iron-Sulfur Cluster Containing E. Coli Ribosomal RNA 5-Methyluridine Methyltransferase.
著者: Lee, T.T. / Agarwalla, S. / Stroud, R.M.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Characterization of the 23 S Ribosomal RNA M5U1939 Methyltransferase from Escherichia Coli
著者: Agarwalla, S. / Kealey, J.T. / Santi, D.V. / Stroud, R.M.
履歴
登録2004年2月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 23S RRNA (URACIL-5-)-METHYLTRANSFERASE RUMA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2766
ポリマ－48,6771
非ポリマー5995
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)35.938, 99.448, 58.519
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.57, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 23S RRNA (URACIL-5-)-METHYLTRANSFERASE RUMA / 23S RRNA(M-5-U1939)-METHYLTRANSFERASE


分子量: 48676.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: IRON-SULFUR CLUSTER LINKED BY CYS81, CYS87, CYS90, AND CYS162
由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K12 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P55135, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの

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非ポリマー , 5種, 128分子

#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細CATALYZES THE FORMATION OF 5-METHYL-URIDINE AT POSITION 1939 (M-5-U1939) IN 23S RRNA. BELONGS TO ...CATALYZES THE FORMATION OF 5-METHYL-URIDINE AT POSITION 1939 (M-5-U1939) IN 23S RRNA. BELONGS TO THE RNA M5U METHYLTRANSFERASE FAMILY. RUMA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化pH: 9
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 50 MM TRIS-CL (PH 9-9.5), 10 MM NICL2, 12.5% GLYCEROL, AND 20% POLYETHYLENE GLYCOL 2000 MONOMETHYL ETHER
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 9.5 / PH range high: 9
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
13 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-Cl1reservoirpH9.0-9.5
310 mM1reservoirNiCl2
412.5 %glycerol1reservoir
520 %PEG2000 MME1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9786,0.9788
検出器タイプ: ADSC CCD QUANTUM-4 2X2 ARRAY / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97861
20.97881
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 29176 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2.6 / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.896 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. measured all: 632764

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Quantaモデル構築
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
CCP4位相決定
SHARPARP/WARP位相決定
Quanta位相決定
REFMAC5.1.24精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.95→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 4.386 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. B-FACTORS ARE RESIDUAL B-FACTORS, (WHICH DO NOT INCLUDE THE CONTRIBUTION FROM THE TLS PARAMETERS). USE TLSANL (DISTRIBUTED WITH CCP4) TO ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. B-FACTORS ARE RESIDUAL B-FACTORS, (WHICH DO NOT INCLUDE THE CONTRIBUTION FROM THE TLS PARAMETERS). USE TLSANL (DISTRIBUTED WITH CCP4) TO OBTAIN THE FULL B-FACTOR.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 1477 5.1 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs-27660 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.09 Å20 Å20.51 Å2
2---1.6 Å20 Å2
3---0.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3239 0 16 123 3378
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0213324
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023060
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6731.974501
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89237111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3895416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2506
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023683
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.02645
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.2600
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2470.23512
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.22065
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1940.2105
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0470.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2670.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3060.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1880.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9381.52079
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.73723345
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.50631245
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1554.51144
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.301 108
Rwork0.235 1941
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.929511.913.467229.82133.61683.7214-0.2419-0.87220.57850.781-0.43391.56720.0492-0.62510.67580.39370.2112-0.03440.3429-0.1020.24814.4318-19.01119.9989
25.9474-5.44120.35396.96460.88026.6067-0.2087-0.2485-0.14990.95390.5126-0.3870.19160.0379-0.30390.29290.1614-0.1260.1347-0.03260.083815.9695-1.318518.9468
32.7327-0.8533-0.86322.12360.48990.7425-0.0384-0.01310.13750.12610.20450.23340.0935-0.1446-0.1660.13460.0117-0.00550.1653-0.0080.1462.277715.77739.9425
42.1226-3.0503-1.88755.22141.62695.5346-0.1256-0.0609-0.06110.09610.1666-0.52570.51680.2097-0.04090.08780.0641-0.07470.1444-0.05040.197424.1141-8.0023.5975
50.7662-0.97170.19484.4576-1.34032.5756-0.10710.0516-0.1198-0.08350.16210.24510.0591-0.2324-0.0550.0567-0.03230.0230.2172-0.03090.1515.35970.3561-14.5499
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A15 - 74
2X-RAY DIFFRACTION2A75 - 93
3X-RAY DIFFRACTION2F1
4X-RAY DIFFRACTION3A125 - 262
5X-RAY DIFFRACTION4A94 - 124
6X-RAY DIFFRACTION5A263 - 431
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Rfactor Rfree: 0.223 / Rfactor Rwork: 0.189
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.66

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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