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万見
- PDB-1uvh: X-ray structure of Dps from Mycobacterium smegmatis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uvh
タイトルX-ray structure of Dps from Mycobacterium smegmatis
要素STARVATION-INDUCED DNA PROTECTING PROTEIN
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA PROTECTION FROM OXIDATIVE DAMAGE
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する / oxidoreductase activity, acting on metal ions / nucleoid / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dps protein family signature 1. / DNA-binding protein Dps, conserved site / DNA-binding protein Dps / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA protection during starvation protein / DNA protection during starvation protein
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM SMEGMATIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Ilari, A. / Ceci, P. / Falvo, E. / Chiancone, E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Reassessment of Protein Stability, DNA Binding, and Protection of Mycobacterium Smegmatis Dps.
著者: Ceci, P. / Ilari, A. / Falvo, E. / Giangiacomo, L. / Chiancone, E.
履歴
登録2004年1月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: STARVATION-INDUCED DNA PROTECTING PROTEIN
B: STARVATION-INDUCED DNA PROTECTING PROTEIN
C: STARVATION-INDUCED DNA PROTECTING PROTEIN
D: STARVATION-INDUCED DNA PROTECTING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,4198
ポリマ－81,1954
非ポリマー2234
水82946
1
A: STARVATION-INDUCED DNA PROTECTING PROTEIN
B: STARVATION-INDUCED DNA PROTECTING PROTEIN
C: STARVATION-INDUCED DNA PROTECTING PROTEIN
D: STARVATION-INDUCED DNA PROTECTING PROTEIN
ヘテロ分子

A: STARVATION-INDUCED DNA PROTECTING PROTEIN
B: STARVATION-INDUCED DNA PROTECTING PROTEIN
C: STARVATION-INDUCED DNA PROTECTING PROTEIN
D: STARVATION-INDUCED DNA PROTECTING PROTEIN
ヘテロ分子

A: STARVATION-INDUCED DNA PROTECTING PROTEIN
B: STARVATION-INDUCED DNA PROTECTING PROTEIN
C: STARVATION-INDUCED DNA PROTECTING PROTEIN
D: STARVATION-INDUCED DNA PROTECTING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)244,25624
ポリマ－243,58612
非ポリマー67012
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)124.300, 124.300, 304.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.00051, 0.57675, -0.81692), (0.57746, -0.66678, -0.4711), (-0.81642, -0.47198, -0.33271)1.33474, 1.66684, 0.66645
2given(0.49915, 0.86652, 7.0E-5), (0.2895, -0.16685, 0.94252), (0.81672, -0.47044, -0.33414)-0.66688, -0.33358, 0.66662
3given(0.50106, -0.28748, -0.81627), (-0.86541, -0.16848, -0.47188), (-0.00187, 0.94285, -0.33321)1.667, 1.33518, 0.3335

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要素

#1: タンパク質
STARVATION-INDUCED DNA PROTECTING PROTEIN / DPS


分子量: 20298.809 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM SMEGMATIS (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8VP75, UniProt: P0C558*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化pH: 7.5
詳細: HEPES 0.1 M, IN A PH RANGE BETWEEN 7.0-7.8. AMMONIUM SULFATE IN A RANGE BETWEEN 1.5-2.0 M

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.2
検出器日付: 2003年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→40 Å / Num. obs: 22346 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.082

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DPS

1dps


解像度: 2.8→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
詳細: COORDINATES FOR A COMPLETE DODECAMER REPRESENTING THE KNOWN BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE OF THE MOLECULE CAN BE GENERATED BY APPLYING CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY OPERATIONS ...詳細: COORDINATES FOR A COMPLETE DODECAMER REPRESENTING THE KNOWN BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE OF THE MOLECULE CAN BE GENERATED BY APPLYING CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY OPERATIONS GIVEN BELOW TO THE TETRAMER OF THE ASYMMETRIC UNIT: SYMGEN X,Y,Z SYMGEN Y-X, 1-X,Z SYMGEN 1-Y,1+X-Y,Z
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.34 1117 5 %RANDOM
Rwork0.26 ---
obs0.27 21227 99 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4928 0 4 46 4978

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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