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- PDB-1uuy: Structure of a molybdopterin-bound cnx1g domain links molybdenum ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uuy
タイトルStructure of a molybdopterin-bound cnx1g domain links molybdenum and copper metabolism
要素MOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS CNX1
キーワードCHELATASE / MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


molybdopterin adenylyltransferase / molybdopterin adenylyltransferase activity / molybdopterin molybdotransferase / molybdopterin molybdotransferase activity / nitrate reductase activity / auxin-activated signaling pathway / molybdenum ion binding / Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process / response to metal ion / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Molybdenum cofactor biosynthesis proteins signature 2. / Molybdenum cofactor biosynthesis proteins signature 1. / MoeA, N-terminal and linker domain / MoeA, C-terminal, domain IV / MoeA, N-terminal and linker domain superfamily / MoeA, C-terminal, domain IV superfamily / Molybdopterin biosynthesis protein MoeA-like / MoeA N-terminal region (domain I and II) / MoeA C-terminal region (domain IV) / Molybdenum cofactor biosynthesis, conserved site ...Molybdenum cofactor biosynthesis proteins signature 2. / Molybdenum cofactor biosynthesis proteins signature 1. / MoeA, N-terminal and linker domain / MoeA, C-terminal, domain IV / MoeA, N-terminal and linker domain superfamily / MoeA, C-terminal, domain IV superfamily / Molybdopterin biosynthesis protein MoeA-like / MoeA N-terminal region (domain I and II) / MoeA C-terminal region (domain IV) / Molybdenum cofactor biosynthesis, conserved site / MoaB/Mog-like domain / Molybdenum Cofactor Biosythetic Enzyme; Chain A / MoaB/Mog domain / MoaB/Mog-like domain superfamily / Probable molybdopterin binding domain / Probable molybdopterin binding domain / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / COPPER (I) ION / FORMIC ACID / IMIDAZOLE / Chem-MTE / PROPANOIC ACID / Molybdopterin biosynthesis protein CNX1
類似検索 - 構成要素
生物種ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Kuper, J. / Llamas, A. / Hecht, H.J. / Mendel, R.R. / Schwarz, G.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2004
タイトル: Structure of a Molybdopterin-Bound Cnx1G Domain Links Molybdenum and Copper Metabolism
著者: Kuper, J. / Llamas, A. / Hecht, H.J. / Mendel, R.R. / Schwarz, G.
履歴
登録2004年1月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS CNX1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6957
ポリマ－17,7001
非ポリマー9956
水3,027168
1
A: MOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS CNX1
ヘテロ分子

A: MOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS CNX1
ヘテロ分子

A: MOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS CNX1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,08421
ポリマ－53,0993
非ポリマー2,98618
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation56_656-z+1,x+1/2,-y+3/21
crystal symmetry operation35_466y-1/2,-z+3/2,-x+11
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)171.090, 171.090, 171.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number210
Space group name H-MF4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2016-

HOH

21A-2043-

HOH

31A-2044-

HOH

41A-2125-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 MOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS CNX1 / CNX1


分子量: 17699.518 Da / 分子数: 1 / 断片: G-DOMAIN, RESIDUES 462-624 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: BOUND MTE AMP COMPLEX
由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): RK5206 / 参照: UniProt: Q39054

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非ポリマー , 7種, 174分子

#2: 化合物 ChemComp-MTE / PHOSPHONIC ACIDMONO-(2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-4-OXO-3,7,8A,9,10,10A-HEXAHYDRO-4H-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-7-YLMETHYL)ESTER / ピラノプテリン


分子量: 395.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O6PS2
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 化合物 ChemComp-PPI / PROPANOIC ACID / プロピオン酸


分子量: 74.079 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H6O2
#5: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#6: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#7: 化合物 ChemComp-CU1 / COPPER (I) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUES SER 583 ALA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.8 %
結晶化pH: 7.8 / 詳細: 3.2 M SODIUM FORMATE ANAEROBIC, pH 7.80

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→27.02 Å / Num. obs: 36739 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.88 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 6.2678
反射 シェル解像度: 1.45→1.53 Å / 冗長度: 6.67 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 1.78 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UUX

1uux


解像度: 1.45→27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 0.737 / SU ML: 0.029 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.052 / ESU R Free: 0.053 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.179 1916 5 %RANDOM
Rwork0.162 ---
obs0.163 36120 98.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1186 0 60 168 1414
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0221305
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021240
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.452.0361771
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.08632897
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.855162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1840.2215
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021380
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02220
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.2276
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.240.21451
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.2784
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2210.2131
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2960.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.230.270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3260.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.65811
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.77961322
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2996494
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1987.5448
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.49 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.233 157
Rwork0.224 2619
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5033-0.12250.17290.85440.18550.8672-0.041-0.00940.0259-0.00520.0297-0.0358-0.04850.04120.01140.0188-0.0044-0.00760.0269-0.01210.040717.428114.342166.64
2-0.095-2.10689.54982.37113.01-1.04720.2310.1044-0.2646-0.1946-0.3464-0.20570.0460.59390.11550.07740.0210.02850.1444-0.02220.115829.481110.267163.519
331.7111-6.58596.460234.34734.754733.01660.61250.34810.278-0.31060.3929-1.7096-0.42621.3349-1.00540.1437-0.0105-0.00710.14750.02260.119630.415112.207172.033
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 163
2X-RAY DIFFRACTION2A1164
3X-RAY DIFFRACTION3A1165

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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