[日本語] English
万見
- PDB-1uun: Main porin from Mycobacterium smegmatis (MspA) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uun
タイトルMain porin from Mycobacterium smegmatis (MspA)
要素MSPA
キーワードPORIN / MYCOBACTERIA
機能・相同性
機能・相同性情報


porin activity / pore complex / cell outer membrane / iron ion transport / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Porin MspA ribbon fold / Porin MspA ribbon domain / Porin MspA (Ig-like beta-sandwich domain) / Porin family, mycobacterial-type / MspA / Leukocidin/porin MspA superfamily / Ribbon / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Porin MspA / Porin MspA
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM SMEGMATIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Faller, M. / Niederweis, M. / Schulz, G.E.
引用ジャーナル: Science / 年: 2004
タイトル: The Structure of a Mycobacterial Outer-Membrane Channel
著者: Faller, M. / Niederweis, M. / Schulz, G.E.
履歴
登録2004年1月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: MSPA
B: MSPA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9992
ポリマ－38,9992
非ポリマー00
水1,71195
1
A: MSPA
B: MSPA

A: MSPA
B: MSPA

A: MSPA
B: MSPA

A: MSPA
B: MSPA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,9968
ポリマ－155,9968
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)113.860, 113.860, 229.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.708152, 0.70606, -0.000181), (-0.706059, 0.708152, 0.001367), (0.001093, -0.00084, 0.999999)
ベクター: 0.0092, -0.1538, 0.0219)

-
要素

#1: タンパク質 MSPA


分子量: 19499.516 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 28-211 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM SMEGMATIS (バクテリア)
プラスミド: PMN501 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RLP7, UniProt: A0QR29*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED MUTATION IN CHAIN A, ARG 123 FROM ALA ENGINEERED MUTATION IN CHAIN B, ARG 123 FROM ALA

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 74 %
結晶化pH: 5.6
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM: 0.1M SODIUM CITRATE PH 5.6, 0.1M LITHIUM SULFATE, 12% PEG4000, DETERGENTS WERE ADDED
結晶化
*PLUS
温度: 6 ℃ / pH: 5.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
160 mMsodium citrate1droppH5.6
260 mM1dropLi2SO4
37 %(w/v)PEG40001drop
40.2 %(w/v)1dropC8E4
535 mMC-HEGA-101drop
66 mg/mlMspA1drop
70.1 Msodium citrate1reservoirpH5.6
80.1 M1reservoirLi2SO4
912 %(w/v)PEG40001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.813
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.813 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 25527 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.8 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / % possible all: 89
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 30 Å / % possible obs: 98 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.085
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 2.8 Å / % possible obs: 89 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 6.3

-
解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
XDSデータ削減
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→29.2 Å / SU B: 6.964 / SU ML: 0.157 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.274 / ESU R Free: 0.219
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24924 1298 5.1 %RANDOM
Rwork0.22611 ---
obs0.22729 24195 98 %-
原子変位パラメータBiso mean: 39.631 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20 Å20 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2758 0 0 95 2853
精密化
*PLUS
最低解像度: 29 Å / Rfactor Rfree: 0.249 / Rfactor Rwork: 0.226
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg1.6

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る