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万見
- PDB-1uuj: N-terminal domain of Lissencephaly-1 protein (Lis-1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uuj
タイトルN-terminal domain of Lissencephaly-1 protein (Lis-1)
要素PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB ALPHA SUBUNIT
キーワードCELL DIVISION / PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE / MITOSIS / NEUROGENESIS / CYTOSKELETON / MICROTUBULE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cellular component organization / : / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / RHO GTPases Activate Formins / platelet-activating factor acetyltransferase activity / Loss of Nlp from mitotic centrosomes ...positive regulation of cellular component organization / : / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / RHO GTPases Activate Formins / platelet-activating factor acetyltransferase activity / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / corpus callosum morphogenesis / establishment of planar polarity of embryonic epithelium / microtubule cytoskeleton organization involved in establishment of planar polarity / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / ameboidal-type cell migration / Separation of Sister Chromatids / interneuron migration / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase complex / maintenance of centrosome location / microtubule sliding / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / radial glia-guided pyramidal neuron migration / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / cerebral cortex neuron differentiation / microtubule organizing center organization / central region of growth cone / acrosome assembly / positive regulation of embryonic development / reelin-mediated signaling pathway / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / establishment of centrosome localization / positive regulation of cytokine-mediated signaling pathway / cortical microtubule organization / astral microtubule / nuclear membrane disassembly / RHO GTPases Activate Formins / layer formation in cerebral cortex / Separation of Sister Chromatids / auditory receptor cell development / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / vesicle transport along microtubule / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / stem cell division / stereocilium / myeloid leukocyte migration / negative regulation of JNK cascade / microtubule plus-end binding / brain morphogenesis / motile cilium / retrograde axonal transport / nuclear migration / microtubule associated complex / osteoclast development / regulation of postsynapse organization / kinesin complex / dynein intermediate chain binding / dynein complex binding / cochlea development / regulation of GTPase activity / transmission of nerve impulse / cell leading edge / germ cell development / cytoplasmic microtubule / establishment of mitotic spindle orientation / microtubule-based process / neuromuscular process controlling balance / protein secretion / neuroblast proliferation / positive regulation of axon extension / lipid catabolic process / regulation of microtubule cytoskeleton organization / JNK cascade / axon cytoplasm / positive regulation of mitotic cell cycle / adult locomotory behavior / establishment of localization in cell / hippocampus development / phosphoprotein binding / neuron migration / Schaffer collateral - CA1 synapse / modulation of chemical synaptic transmission / brain development / cerebral cortex development / kinetochore / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / cell migration
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A - #30 / Dynein regulator LIS1 / LIS1, N-terminal / LisH / : / Lissencephaly type-1-like homology motif / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / G-protein beta WD-40 repeat ...Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A - #30 / Dynein regulator LIS1 / LIS1, N-terminal / LisH / : / Lissencephaly type-1-like homology motif / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / BENZOIC ACID / Platelet-activating factor acetylhydrolase IB subunit alpha / Platelet-activating factor acetylhydrolase IB subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Cooper, D.R. / Kim, M.H. / Devedjiev, Y. / Derewenda, U. / Derewenda, Z.S.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: The Structure of the N-Terminal Domain of the Product of the Lissencephaly Gene Lis1 and its Functional Implications
著者: Kim, M.H. / Cooper, D.R. / Oleksy, A. / Devedjiev, Y. / Derewenda, U. / Reiner, O. / Otlewski, J. / Derewenda, Z.S.
履歴
登録2003年12月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年6月28日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32019年5月29日Group: Data collection / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_biol / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB ALPHA SUBUNIT
B: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB ALPHA SUBUNIT
C: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB ALPHA SUBUNIT
D: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB ALPHA SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,65410
ポリマ－41,0894
非ポリマー5656
水3,261181
1
A: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB ALPHA SUBUNIT
B: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB ALPHA SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7955
ポリマ－20,5442
非ポリマー2513
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB ALPHA SUBUNIT
D: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB ALPHA SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8595
ポリマ－20,5442
非ポリマー3143
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)62.988, 111.753, 47.397
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB ALPHA SUBUNIT / LISSENCEPHALY-1 PROTEIN / PAF / PAF-AH ALPHA / ACETYLHYDROLASE 45 KDA SUBUNIT / PAF-AH 45 KDA ...LISSENCEPHALY-1 PROTEIN / PAF / PAF-AH ALPHA / ACETYLHYDROLASE 45 KDA SUBUNIT / PAF-AH 45 KDA SUBUNIT / PAFAH ALPHA / LIS-1


分子量: 10272.154 Da / 分子数: 4 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN RESIDUES 1-85 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 器官: BRAIN / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3) / 参照: UniProt: P43035, UniProt: P63005*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸


分子量: 122.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細INITIAL 2 RESIDUES ARE CLONING ARTIFACTS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.6 %
結晶化手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.5
詳細: CRYSTALS WERE GROWN USING SITTING-DROP VAPOUR-DIFFUSION UNDER MINERAL OIL USING A 1:1 MIXTURE OF PROTEIN AND 1.7 M (NH4)2SO4 AND 0.1 M NA3-CITRATE, PH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.979392,0.979528, 0.964216
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月22日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9793921
20.9795281
30.9642161
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 33378 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 26.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 40
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.477 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 78.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
SHARP位相決定
ARP/wARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.75→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 2.377 / SU ML: 0.077 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.131
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 1069 3.2 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.192 31827 95.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.29 Å20 Å20 Å2
2--0.29 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2558 0 33 181 2772
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0212612
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022371
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.8831.9963481
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.59135559
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7855303
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.2367
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022818
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02497
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2380.2612
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2380.22664
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.21611
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2040.2113
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2620.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2380.2109
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1950.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1481.51529
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.18822428
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.60431083
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.7564.51053
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.79 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.315 63
Rwork0.245 1792
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9598-0.81080.43251.9555-1.07041.6349-0.1551-0.16310.15320.33850.11630.0139-0.4126-0.0050.03880.1624-0.00820.00660.04810.00510.067519.45846.3122.361
21.5561-0.35680.34942.1404-0.44511.4081-0.12190.1480.0888-0.19890.12390.0508-0.1489-0.0507-0.0020.0913-0.01870.00270.0730.0310.030918.89140.983-5.795
31.8629-0.74130.07211.6267-0.50970.1528-0.0993-0.2897-0.13410.30270.1495-0.04130.07670.0163-0.05020.1588-0.0104-0.0030.05110.02140.00912.68714.67524.013
40.9477-0.7688-0.1382.1461-0.67820.54930.01310.0304-0.02260.1436-0.0807-0.04310.05570.0210.06760.09140.0003-0.01280.03890.00340.040213.08917.43916.141
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 77
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 74
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 76
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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