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- PDB-1uti: Mona/Gads SH3C in complex with HPK derived peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uti
タイトルMona/Gads SH3C in complex with HPK derived peptide
要素
  • GRB2-RELATED ADAPTOR PROTEIN 2
  • MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE KINASE KINASE KINASE 1
キーワードSIGNALING PROTEIN REGULATOR / SH3 DOMAIN-COMPLEX / ADAPTOR PROTEIN (MONA) / PROTEIN SERINE/THREONINE KINASE (HPK1) / ANTIGEN RECEPTOR SIGNALLING MEDIATOR (BOTH) / SH3 DOMAIN / PPII HELIX
機能・相同性
機能・相同性情報


FLT3 Signaling / CD28 co-stimulation / FCERI mediated MAPK activation / Signaling by SCF-KIT / Generation of second messenger molecules / MAP kinase kinase kinase kinase activity / FCERI mediated Ca+2 mobilization / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / DAP12 signaling / regulation of MAPK cascade ...FLT3 Signaling / CD28 co-stimulation / FCERI mediated MAPK activation / Signaling by SCF-KIT / Generation of second messenger molecules / MAP kinase kinase kinase kinase activity / FCERI mediated Ca+2 mobilization / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / DAP12 signaling / regulation of MAPK cascade / JNK cascade / phosphotyrosine residue binding / peptidyl-serine phosphorylation / protein autophosphorylation / cell population proliferation / positive regulation of MAPK cascade / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / endosome / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GRAP2, C-terminal SH3 domain / Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase kinase / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / Grb2-like / : / SH3 Domains / SH3 domain ...GRAP2, C-terminal SH3 domain / Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase kinase / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / Grb2-like / : / SH3 Domains / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GRB2-related adaptor protein 2 / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Lewitzky, M. / Harkiolaki, M. / Domart, M.C. / Feller, S.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Mona/Gads Sh3C Binding to Hematopoietic Progenitor Kinase 1 (Hpk1) Combines an Atypical SH3 Binding Motif, R/Kxxk, with a Classical Pxxp Motif Embedded in a Polyproline Type II (Ppii) Helix
著者: Lewitzky, M. / Harkiolaki, M. / Domart, M.C. / Jones, E. / Feller, S.M.
履歴
登録2003年12月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GRB2-RELATED ADAPTOR PROTEIN 2
D: MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE KINASE KINASE KINASE 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,5582
ポリマ－8,5582
非ポリマー00
水1,13563
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)71.456, 27.442, 33.043
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.22, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細MONA/GADS SH3C IS A MONOMER IN SOLUTION, PRESENT IN THISCRYSTAL IN COMPLEX WITH AN HPK1 DERIVED PEPTIDE AND HENCEIN A HETERODIMERIC STATE.

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要素

#1: タンパク質 GRB2-RELATED ADAPTOR PROTEIN 2 / GADS PROTEIN / GROWTH FACTOR RECEPTOR BINDING PROTEIN / GRB-2-LIKE PROTEIN / GRB2L / HEMATOPOIETIC ...GADS PROTEIN / GROWTH FACTOR RECEPTOR BINDING PROTEIN / GRB-2-LIKE PROTEIN / GRB2L / HEMATOPOIETIC CELL-ASSOCIATED ADAPTOR PROTEIN GRPL / GRB-2-RELATED MONOCYTIC ADAPTER PROTEIN / MONOCYTIC ADAPTER / MONA / ADAPTER PROTEIN GRID


分子量: 6734.568 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3C DOMAIN, RESIDUES 265-322 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PGEX-6P-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O89100
#2: タンパク質・ペプチド MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE KINASE KINASE KINASE 1 / HEMATOPOETIC PRGENITOR KINASE I / MAPK/ERK KINASE KINASE KINASE 1 / MEK KINASE KINASE 1 / MEKKK 1 / HPK


分子量: 1823.232 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 BINDING PEPTIDE, RESIDUES 465-480 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P70218, EC: 2.7.1.37
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細GADS/MONA:INTERACTS WITH SLP-76 TO REGULATE NF-AT ACTIVATION.
配列の詳細ONLY THE C-TERMINAL DOMAIN HAS BEEN CRYSTALLISED

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.7 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 2M AMMONIUM SULFATE, 0.05M HEPES PH7.5, pH 7.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97932
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97932 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→20 Å / Num. obs: 9855 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 25.2
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Mean I/σ(I) obs: 14.7 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OEB

1oeb


解像度: 1.5→34.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 1.308 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 485 4.8 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs0.208 9573 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.31 Å20 Å2-0.21 Å2
2--0.25 Å20 Å2
3---0.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→34.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数590 0 0 63 653
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.021619
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02563
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1131.961836
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.78531313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.625571
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.283
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02672
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02132
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.190.2102
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2330.2662
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0810.2377
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1350.241
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0040.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2220.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1380.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6991.5365
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3122587
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.593254
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6044.5248
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.21 44
Rwork0.206 674

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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