PDB-1ut4: Structure of the conserved domain of ANAC, a member of the NAC fa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ut4

タイトル

Structure of the conserved domain of ANAC, a member of the NAC family of transcription factors

要素

NO APICAL MERISTEM PROTEIN

キーワード

TRANSCRIPTION REGULATION / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION FACTOR / DNA BINDING / ABSCISIC ACID RESPONSE / ARABIDOPSIS THALIANA / NAC DOMAIN

機能・相同性

機能・相同性情報

response to water deprivation / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Ernst, H.A. / Olsen, A.N. / Skriver, K. / Larsen, S. / Lo Leggio, L.

引用

ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2004
タイトル: Structure of the Conserved Domain of Anac, a Member of the Nac Family of Transcription Factors
著者: Ernst, H.A. / Olsen, A.N. / Skriver, K. / Larsen, S. / Lo Leggio, L.

履歴

登録	2003年12月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2004年3月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年1月17日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.4	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ut4.cif.gz	73.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ut4.ent.gz	55.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ut4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1ut4_validation.pdf.gz	437.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1ut4_full_validation.pdf.gz	439.4 KB	表示
XML形式データ	1ut4_validation.xml.gz	13.2 KB	表示
CIF形式データ	1ut4_validation.cif.gz	17.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/1ut4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/1ut4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ut7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ut7-d 1j6r-d 1j78-2 1nw7-2 1j7e-2 4fq0-d 1nw6-2 1nw5-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NO APICAL MERISTEM PROTEIN

B: NO APICAL MERISTEM PROTEIN

39.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.953, 75.224, 80.824
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	PHE	PHE	4	A	A	16 - 20	19 - 23
2	1	PRO	PRO	PHE	PHE	4	B	B	16 - 20	19 - 23
1	2	TYR	TYR	ASP	ASP	1	A	A	21 - 24	24 - 27
2	2	TYR	TYR	ASP	ASP	1	B	B	21 - 24	24 - 27
1	3	GLU	GLU	GLU	GLU	3	A	A	25	28
2	3	GLU	GLU	GLU	GLU	3	B	B	25	28
1	4	GLU	GLU	LEU	LEU	1	A	A	26 - 32	29 - 35
2	4	GLU	GLU	LEU	LEU	1	B	B	26 - 32	29 - 35
1	5	ARG	ARG	LYS	LYS	6	A	A	34 - 35	37 - 38
2	5	ARG	ARG	LYS	LYS	6	B	B	34 - 35	37 - 38
1	6	ILE	ILE	ILE	ILE	3	A	A	49	52
2	6	ILE	ILE	ILE	ILE	3	B	B	49	52
1	7	ASP	ASP	ASP	ASP	1	A	A	50	53
2	7	ASP	ASP	ASP	ASP	1	B	B	50	53
1	8	LEU	LEU	LEU	LEU	2	A	A	51	54
2	8	LEU	LEU	LEU	LEU	2	B	B	51	54
1	9	TYR	TYR	TYR	TYR	1	A	A	52	55
2	9	TYR	TYR	TYR	TYR	1	B	B	52	55
1	10	LYS	LYS	LYS	LYS	3	A	A	53	56
2	10	LYS	LYS	LYS	LYS	3	B	B	53	56
1	11	PHE	PHE	TRP	TRP	1	A	A	54 - 57	57 - 60
2	11	PHE	PHE	TRP	TRP	1	B	B	54 - 57	57 - 60
1	12	VAL	VAL	VAL	VAL	5	A	A	58	61
2	12	VAL	VAL	VAL	VAL	5	B	B	58	61
1	13	PRO	PRO	PRO	PRO	1	A	A	60	63
2	13	PRO	PRO	PRO	PRO	1	B	B	60	63
1	14	ASN	ASN	ASN	ASN	3	A	A	61	64
2	14	ASN	ASN	ASN	ASN	3	B	B	61	64
1	15	LYS	LYS	GLU	GLU	4	A	A	62 - 67	65 - 70
2	15	LYS	LYS	GLU	GLU	4	B	B	62 - 67	65 - 70
1	16	LYS	LYS	ASP	ASP	1	A	A	68 - 77	71 - 80
2	16	LYS	LYS	ASP	ASP	1	B	B	68 - 77	71 - 80
1	17	PRO	PRO	ASN	ASN	4	A	A	86 - 87	89 - 90
2	17	PRO	PRO	ASN	ASN	4	B	B	86 - 87	89 - 90
1	18	ARG	ARG	MET	MET	1	A	A	88 - 134	91 - 137
2	18	ARG	ARG	MET	MET	1	B	B	88 - 134	91 - 137
1	19	HIS	HIS	HIS	HIS	3	A	A	135	138
2	19	HIS	HIS	HIS	HIS	3	B	B	135	138
1	20	GLU	GLU	LEU	LEU	1	A	A	136 - 139	139 - 142
2	20	GLU	GLU	LEU	LEU	1	B	B	136 - 139	139 - 142
1	21	ILE	ILE	ILE	ILE	4	A	A	140	143
2	21	ILE	ILE	ILE	ILE	4	B	B	140	143
1	22	ASP	ASP	VAL	VAL	2	A	A	153 - 155	156 - 158
2	22	ASP	ASP	VAL	VAL	2	B	B	153 - 155	156 - 158
1	23	CYS	CYS	LYS	LYS	1	A	A	157 - 162	160 - 165
2	23	CYS	CYS	LYS	LYS	1	B	B	157 - 162	160 - 165
1	24	GLN	GLN	GLN	GLN	3	A	A	163	166
2	24	GLN	GLN	GLN	GLN	3	B	B	163	166

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.99929, 0.035864, 0.011852), (0.034331, 0.99324, -0.11093), (-0.015751, -0.11044, -0.99376)
ベクター: 60.738, 3.1051, 86.324)

#1: タンパク質	NO APICAL MERISTEM PROTEIN / NAM / ANAC / ABSCISIC ACID RESPONSIVE NAC 分子量: 19780.664 Da / 分子数: 2 / 断片: DNA-BINDING NAC DOMAIN, RESIDUES 1-168 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9C932
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	NP_175697 (1-168) + EXTRA RESIDUE AT THE N-TERMINUS, ORIGINATING FROM A HIS-TAG SPACER REGION

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 30 %

結晶化

pH: 7 / 詳細: pH 7.00

結晶化

*PLUS

pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Olsen, A., (2004) Acta Crystallogr.,Sect.D, 60, 112.

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	10-15 %	PEG4000	1	reservoir
2	0.1 M	imidazole-malic acid	1	reservoir	pH7.0
3	3.2-7.7 mg/ml	protein	1	drop

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.035
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.035 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 11476 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 5.6
反射シェル	解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 89.8
反射	PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 30 Å / R_merge(I) obs*: 0.094
反射シェル	PLUS % possible obs: 89.8 % / R_merge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs*: 2.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.5→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.907 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.857 / SU B: 9.623 / SU ML: 0.219 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.636 / ESU R Free: 0.335 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.284	652	5.1 %	RANDOM
R_work	0.225	-	-	-
obs	0.228	12163	94.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.76 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.21 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.5 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2431	0	0	70	2501

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	2514
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2243
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.458	1.95	3395
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.859	3	5244
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.73	5	289
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	348
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2712
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	541
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.188	0.2	406
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.237	0.2	2341
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	1483
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.127	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.282	0.2	135
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.182	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.798	1.5	1473
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.521	2	2376
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.737	3	1041
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.972	4.5	1019
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1433	tight positional	0.04	0.05
260	medium positional	0.37	0.5
107	loose positional	0.62	5
1433	tight thermal	0.1	0.5
260	medium thermal	0.49	2
107	loose thermal	1.79	10

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.404	42
R_work	0.226	809

精密化

*PLUS

R_factor R_free: 0.281 / R_factor R_work: 0.224

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.015
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.5
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_deg	6.8

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)