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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1usm | ||||||
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タイトル | DCOH, A BIFUNCTIONAL PROTEIN-BINDING TRANSCRIPTIONAL COACTIVATOR, PRO9LEU MUTANT | ||||||
要素 | HEPATOCYTE NUCLEAR FACTOR 1-ALPHA | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTIONAL STIMULATOR / DIMERIZATION COFACTOR / DEHYDRATASE (脱水酵素) / 4A-CARBINOLAMINE DEHYDRATASE / TRANSREGULATOR OF HOMEODOMAIN PROTEINS / RIKEN STRUCTURAL GENOMICS/PROTEOMICS INITIATIVE / RSGI / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase / 4-alpha-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase activity / tetrahydrobiopterin biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å | ||||||
データ登録者 | Tahirov, T.H. / Inagaki, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of Transcriptional Coactivator DCoH from Thermus Thermophilus 著者: Tahirov, T.H. / Inagaki, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1usm.cif.gz | 31.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1usm.ent.gz | 21.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1usm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/1usm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/1usm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9508.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DIMERIZATION DOMAIN 由来: (組換発現) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / プラスミド: PET11A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P83819*PLUS |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THE RESIDUE PROLINE AT POSITION 9 WAS MUTATED TO LEU |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.4 % |
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結晶化 | 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.3 詳細: MICROBATCH METHOD UNDER OIL BY CRYSTALLIZATION ROBOT TERA. 25.6 MG/ML OF PROTEIN SOLUTION WAS MIXED WITH 3.15M SODIUM FORMATE AND 0.1M SODIUM ACETATE BUFFER, PH 4.0. FINAL PH WAS 5.3. ...詳細: MICROBATCH METHOD UNDER OIL BY CRYSTALLIZATION ROBOT TERA. 25.6 MG/ML OF PROTEIN SOLUTION WAS MIXED WITH 3.15M SODIUM FORMATE AND 0.1M SODIUM ACETATE BUFFER, PH 4.0. FINAL PH WAS 5.3. CRYOPROTECTANT CONTENT WAS: 25% GLYCEROL, 2.0M SODIUM FORMATE, AND 0.6M SODIUM ACETATE BUFFER, PH 4.0. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 0.8 |
検出器 | タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE RAXIS-V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年2月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.2→20 Å / Num. obs: 30991 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -0.2 / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 12.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 41.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.22 Å / Rmerge(I) obs: 0.146 / Mean I/σ(I) obs: 11.7 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1DCO 解像度: 1.2→18.77 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 3515920.09 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: RESIDUES 7-9 ARE DISORDERED AND NOT INCLUDED IN THE MODEL
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 59.4998 Å2 / ksol: 0.393311 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→18.77 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.2→1.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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