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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1usm | ||||||
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タイトル | DCOH, A BIFUNCTIONAL PROTEIN-BINDING TRANSCRIPTIONAL COACTIVATOR, PRO9LEU MUTANT | ||||||
![]() | HEPATOCYTE NUCLEAR FACTOR 1-ALPHA | ||||||
![]() | TRANSCRIPTIONAL STIMULATOR / DIMERIZATION COFACTOR / DEHYDRATASE / 4A-CARBINOLAMINE DEHYDRATASE / TRANSREGULATOR OF HOMEODOMAIN PROTEINS / RIKEN STRUCTURAL GENOMICS/PROTEOMICS INITIATIVE / RSGI / STRUCTURAL GENOMICS | ||||||
機能・相同性 | ![]() 4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase / 4-alpha-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase activity / tetrahydrobiopterin biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tahirov, T.H. / Inagaki, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Transcriptional Coactivator DCoH from Thermus Thermophilus 著者: Tahirov, T.H. / Inagaki, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 31.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 21.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9508.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DIMERIZATION DOMAIN 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: HB8 / プラスミド: PET11A / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THE RESIDUE PROLINE AT POSITION 9 WAS MUTATED TO LEU |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.4 % |
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結晶化 | 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.3 詳細: MICROBATCH METHOD UNDER OIL BY CRYSTALLIZATION ROBOT TERA. 25.6 MG/ML OF PROTEIN SOLUTION WAS MIXED WITH 3.15M SODIUM FORMATE AND 0.1M SODIUM ACETATE BUFFER, PH 4.0. FINAL PH WAS 5.3. ...詳細: MICROBATCH METHOD UNDER OIL BY CRYSTALLIZATION ROBOT TERA. 25.6 MG/ML OF PROTEIN SOLUTION WAS MIXED WITH 3.15M SODIUM FORMATE AND 0.1M SODIUM ACETATE BUFFER, PH 4.0. FINAL PH WAS 5.3. CRYOPROTECTANT CONTENT WAS: 25% GLYCEROL, 2.0M SODIUM FORMATE, AND 0.6M SODIUM ACETATE BUFFER, PH 4.0. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE RAXIS-V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年2月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.2→20 Å / Num. obs: 30991 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -0.2 / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 12.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 41.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.22 Å / Rmerge(I) obs: 0.146 / Mean I/σ(I) obs: 11.7 / % possible all: 99.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1DCO 解像度: 1.2→18.77 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 3515920.09 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: RESIDUES 7-9 ARE DISORDERED AND NOT INCLUDED IN THE MODEL
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 59.4998 Å2 / ksol: 0.393311 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→18.77 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.2→1.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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