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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ury | ||||||
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タイトル | cytoglobin cavities | ||||||
要素 | CYTOGLOBIN | ||||||
キーワード | OXYGEN TRANSPORT / GLOBIN / CYTOGLOBIN / HISTOGLOBIN / HEME / HEXA-COORDINATION / PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Oxidoreductases; Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen; With NADH or NADPH as one donor, and incorporation of two atoms of oxygen into the other donor / fatty acid peroxidase activity / nitric oxide dioxygenase activity, heme protein as donor / negative regulation of hepatic stellate cell activation / Intracellular oxygen transport / nitric oxide catabolic process / negative regulation of collagen biosynthetic process / carbon monoxide binding / negative regulation of fibroblast migration / catalase activity ...Oxidoreductases; Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen; With NADH or NADPH as one donor, and incorporation of two atoms of oxygen into the other donor / fatty acid peroxidase activity / nitric oxide dioxygenase activity, heme protein as donor / negative regulation of hepatic stellate cell activation / Intracellular oxygen transport / nitric oxide catabolic process / negative regulation of collagen biosynthetic process / carbon monoxide binding / negative regulation of fibroblast migration / catalase activity / superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / fatty acid oxidation / nitrite reductase activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / oxygen transport / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / eNOS activation / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / response to oxidative stress / oxidoreductase activity / response to hypoxia / neuron projection / iron ion binding / neuronal cell body / heme binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | de Sanctis, D. / Dewilde, S. / Pesce, A. / Moens, L. / Ascenzi, P. / Hankeln, T. / Burmester, T. / Bolognesi, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2004 タイトル: Cytoglobin Cavities 著者: de Sanctis, D. / Dewilde, S. / Pesce, A. / Moens, L. / Ascenzi, P. / Hankeln, T. / Burmester, T. / Bolognesi, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ury.cif.gz | 77.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ury.ent.gz | 58.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ury.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ury_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ury_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1ury_validation.xml.gz | 15.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ury_validation.cif.gz | 19.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/1ury ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/1ury | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.99925, 0.02078, -0.03275), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21401.484 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WWM9 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-XE / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED MUTATION IN CHAIN A, CYS 38 TO SER 38 ENGINEERED MUTATION IN CHAIN A, CYS 83 TO SER 83 ...ENGINEERED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 % |
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結晶化 | pH: 5 / 詳細: pH 5.00 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / タイプ: ESRF / 波長: 0.937 |
検出器 | 日付: 2003年8月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.937 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 13612 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.4→29.88 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.534 / ESU R Free: 0.284 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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原子変位パラメータ | Biso mean: 26.284 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.88 Å
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