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- PDB-1uoj: CRYSTAL STRUCTURE OF PSEUDOMONAS AERUGINOSA LECTIN 1 IN THE CALCI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uoj
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF PSEUDOMONAS AERUGINOSA LECTIN 1 IN THE CALCIUM-FREE STATE
要素PA-I GALACTOPHILIC LECTIN
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / GALACTOSE BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / carbohydrate binding / periplasmic space / cell surface / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PA-IL-like / PA-IL-like protein / Galactose-binding lectin / Galactose-binding-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PA-I galactophilic lectin
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Cioci, G. / Mitchell, E. / Gautier, C. / Wimmerova, M. / Perez, S. / Gilboa-Garber, N. / Imberty, A.
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2003
タイトル: Structural Basis of Calcium and Galactose Recognition by the Lectin Pa-Il of Pseudomonas Aeruginosa
著者: Cioci, G. / Mitchell, E. / Gautier, C. / Wimmerova, M. / Sudakevitz, D. / Perez, S. / Gilboa-Garber, N. / Imberty, A.
履歴
登録2003年9月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月27日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PA-I GALACTOPHILIC LECTIN
B: PA-I GALACTOPHILIC LECTIN
C: PA-I GALACTOPHILIC LECTIN
D: PA-I GALACTOPHILIC LECTIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2736
ポリマ－51,0814
非ポリマー1922
水2,468137
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7140 Å2
ΔGint-17.4 kcal/mol
Surface area23640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.675, 51.464, 166.787
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
PA-I GALACTOPHILIC LECTIN / PA-IL GALACTOSE-BINDING LECTIN / PA-IL / GALACTOSE-BINDING LECTIN


分子量: 12770.137 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q05097
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細D-GALACTOSE SPECIFIC LECTIN THAT BINDS IN DECREASING ORDER OF AFFINITY: MELIBIOSE, METHYL-ALPHA-D- ...D-GALACTOSE SPECIFIC LECTIN THAT BINDS IN DECREASING ORDER OF AFFINITY: MELIBIOSE, METHYL-ALPHA-D-GALACTOSIDE, D-GALACTOSE,METHYL-BETA-D-GALACTOSIDE, N-ACETYL-D- GALACTOSAMINE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: HANGING DROP: PROTEIN SOLUTION: PA1L 10 MG/ML + DGAL 0.5 MG/ML. RESERVOIR SOLUTION (NH4)2SO4, 1.5 M 20% ISOPROPANOL PH 4.5 2 UL + 2 UL
結晶化
*PLUS
pH: 4.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
21.5 Mammonium sulfate1reservoirpH4.5
320 %isopropanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.932
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月15日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SILICON / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.932 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20.37 Å / Num. obs: 17328 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.54 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 7.6715
反射 シェル解像度: 2.4→2.48 Å / 冗長度: 6.19 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 1.93 / % possible all: 99.8
反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / Num. obs: 17451 / 冗長度: 6.5 % / Num. measured all: 114114 / Rmerge(I) obs: 0.089
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 1.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1L7L

1l7l


解像度: 2.4→20.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 8.76 / SU ML: 0.205 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.691 / ESU R Free: 0.306 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 882 5.1 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs-16569 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.23 Å20 Å20 Å2
2--0.14 Å20 Å2
3----1.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3604 0 10 137 3751
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0213704
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023160
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5191.9175064
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80837384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1785480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2544
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024280
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02704
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1870.2645
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2410.23513
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.22118
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1770.2139
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2810.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2990.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1180.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7591.52380
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.36923812
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.80531324
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8724.51252
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.27 75
Rwork0.2 1211
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.52
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.27 / Rfactor Rwork: 0.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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