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- PDB-1uog: Deacetoxycephalosporin C synthase complexed with deacetoxycephalo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uog
タイトルDeacetoxycephalosporin C synthase complexed with deacetoxycephalosporin C
要素DEACETOXYCEPHALOSPORIN C SYNTHETASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / ANTIBIOTIC BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


deacetoxycephalosporin-C synthase / deacetoxycephalosporin-C synthase activity / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / L-ascorbic acid binding / antibiotic biosynthetic process / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
B-lactam Antibiotic, Isopenicillin N Synthase; Chain / Isopenicillin N synthase, conserved site / Isopenicillin N synthase signature 2. / : / non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal / Isopenicillin N synthase-like, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Isopenicillin N synthase-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. ...B-lactam Antibiotic, Isopenicillin N Synthase; Chain / Isopenicillin N synthase, conserved site / Isopenicillin N synthase signature 2. / : / non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal / Isopenicillin N synthase-like, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Isopenicillin N synthase-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DEACETOXYCEPHALOSPORIN-C / Deacetoxycephalosporin C synthase
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOMYCES CLAVULIGERUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Valegard, K. / Terwisscha van Scheltinga, A.C. / Dubus, A. / Oster, L.M. / Rhangino, G. / Hajdu, J. / Andersson, I.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: The Structural Basis of Cephalosporin Formation in a Mononuclear Ferrous Enzyme
著者: Valegard, K. / Terwisscha van Scheltinga, A.C. / Dubus, A. / Ranghino, G. / Oster, L.M. / Hajdu, J. / Andersson, I.
履歴
登録2003年9月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月17日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / diffrn_source
Item: _audit_author.name / _citation.page_last ..._audit_author.name / _citation.page_last / _citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DEACETOXYCEPHALOSPORIN C SYNTHETASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0053
ポリマ－34,5921
非ポリマー4132
水2,180121
1
A: DEACETOXYCEPHALOSPORIN C SYNTHETASE
ヘテロ分子

A: DEACETOXYCEPHALOSPORIN C SYNTHETASE
ヘテロ分子

A: DEACETOXYCEPHALOSPORIN C SYNTHETASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,0159
ポリマ－103,7753
非ポリマー1,2406
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)106.600, 106.600, 74.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 DEACETOXYCEPHALOSPORIN C SYNTHETASE / DAOCS / EXPANDASE


分子量: 34591.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOMYCES CLAVULIGERUS (バクテリア)
プラスミド: PET11A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P18548, deacetoxycephalosporin-C synthase
#2: 化合物 ChemComp-P1C / DEACETOXYCEPHALOSPORIN-C / デアセトキシセファロスポリンC


分子量: 357.382 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H19N3O6S
#3: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
解説: THE DATA WERE COLLECTED FROM A MEROHEDRALLY TWINNED CRYSTAL
結晶化pH: 7.5
詳細: 1.75M AMMONIUM SULPHATE, 5MM 2-OXOGLUTARATE,0.1M HEPESPH7.5, pH 7.50
結晶化
*PLUS
手法: unknown / 詳細: Valegard, K., (1998) Nature, 394, 805. / PH range low: 7.5 / PH range high: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.75 Mammonium sulfate11
25 mM2-oxoglutarate11
30.1 MHEPES11

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 0.965
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.965 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→25.4 Å / Num. obs: 31415 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.046
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Rmerge(I) obs: 0.186 / % possible all: 99.5
反射
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / Num. measured all: 192826 / Rmerge(I) obs: 0.046
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.5 % / Rmerge(I) obs: 0.186

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RXF

1rxf


解像度: 1.7→25.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 2.624 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: REFINED AGAINST DETWINNED DATA THE RESIDUES MISSING IN THE PDB ENTRY (1, 81-97,165-180, 196-203 247-258 AND 311) ARE DISORDERED, AND THEREFORE OMITTED FROM THE MODEL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 1392 5 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.206 26307 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8 Å2-0.4 Å20 Å2
2---0.8 Å20 Å2
3---1.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→25.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1994 0 25 121 2140
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0212063
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.021828
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3651.9562797
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.03634222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.4325251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.2310
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022313
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02464
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2320.2405
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2630.22079
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0940.21202
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2620.291
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1290.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2710.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3120.282
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.7740.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.90931266
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3252030
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.3146797
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.6168765
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.292 121
Rwork0.215 2195
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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