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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1uof | ||||||
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タイトル | Deacetoxycephalosporin C synthase complexed with Penicillin G | ||||||
要素 | DEACETOXYCEPHALOSPORIN C SYNTHETASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 deacetoxycephalosporin-C synthase / deacetoxycephalosporin-C synthase activity / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / L-ascorbic acid binding / antibiotic biosynthetic process / iron ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | STREPTOMYCES CLAVULIGERUS (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Valegard, K. / Terwisscha Van scheltinga, A.C. / Dubus, A. / Oster, L.M. / Rhangino, G. / Hajdu, J. / Andersson, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2004 タイトル: The Structural Basis of Cephalosporin Formation in a Mononuclear Ferrous Enzyme 著者: Valegard, K. / Terwisscha Van Scheltinga, A.C. / Dubus, A. / Ranghino, G. / Oster, L.M. / Hajdu, J. / Andersson, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1uof.cif.gz | 72.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1uof.ent.gz | 52.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1uof.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1uof_validation.pdf.gz | 770.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1uof_full_validation.pdf.gz | 776.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1uof_validation.xml.gz | 14.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1uof_validation.cif.gz | 20.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/1uof ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/1uof | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34591.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) STREPTOMYCES CLAVULIGERUS (バクテリア) プラスミド: PET11A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P18548, deacetoxycephalosporin-C synthase |
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#2: 化合物 | ChemComp-FE2 / |
#3: 化合物 | ChemComp-PNN / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % 解説: THE DATA WERE COLLECTED FROM A MEROHEDRALLY TWINNED CRYSTAL | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 1.75M AMMONIUM SULPHATE, 5MM 2-OXOGLUTARATE,0.1M HEPESPH7.5, pH 7.50 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown / 詳細: Valegard, K., (1998) Nature, 394, 805. / PH range low: 7.5 / PH range high: 7 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.886 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.886 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→32 Å / Num. obs: 39909 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.047 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å / Num. measured all: 207167 / Rmerge(I) obs: 0.047 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.134 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1RXF 解像度: 1.6→56.8 Å / SU B: 1.725 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.095 詳細: REFINED AGAINST DETWINNED DATA THE RESIDUES MISSING IN THE PDB ENTRY (81-96,165-178 AND 311) ARE DISORDERED, AND THEREFORE OMITTED FROM THE MODEL
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原子変位パラメータ | Biso mean: 25.04 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→56.8 Å
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