+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1uo9 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Deacetoxycephalosporin C synthase complexed with succinate | ||||||
![]() | DEACETOXYCEPHALOSPORIN C SYNTHETASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / ANTIBIOTIC BIOSYNTHESIS / IRON / VITAMIN C | ||||||
機能・相同性 | ![]() deacetoxycephalosporin-C synthase / deacetoxycephalosporin-C synthase activity / L-ascorbic acid binding / antibiotic biosynthetic process / iron ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Valegard, K. / Terwisscha Van scheltinga, A.C. / Dubus, A. / Oster, L.M. / Rhangino, G. / Hajdu, J. / Andersson, I. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Structural Basis of Cephalosporin Formation in a Mononuclear Ferrous Enzyme 著者: Valegard, K. / Terwisscha Van Scheltinga, A.C. / Dubus, A. / Ranghino, G. / Oster, L.M. / Hajdu, J. / Andersson, I. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 75.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 54.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 446.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 451.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34591.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PET11A / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-FE2 / |
#3: 化合物 | ChemComp-SIN / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % 解説: THE DATA WERE COLLECTED FROM A MEROHEDRALLY TWINNED CRYSTAL | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 7.5 詳細: 1.75M AMMONIUM SULPHATE, 5MM 2-OXOGLUTARATE,0.1M HEPES PH7.0, pH 7.50 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown / 詳細: Valegard, K., (1998) Nature, 394, 805. / PH range low: 7.5 / PH range high: 7 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年2月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→56 Å / Num. obs: 45627 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.049 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 94.2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.5 Å / Num. measured all: 108054 / Rmerge(I) obs: 0.049 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 94.2 % / Rmerge(I) obs: 0.28 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1RXF 解像度: 1.5→55.9 Å / SU B: 2.008 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.074 詳細: REFINED AGAINST DETWINNED DATA THE RESIDUES MISSING IN THE PDB ENTRY (82-97,167-177 AND 310-311) ARE DISORDERED, AND THEREFORE OMITTED FROM THE MODEL
| ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.8 Å2
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→55.9 Å
| ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rwork: 0.174 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |