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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ung | ||||||
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タイトル | Structural mechanism for the inhibition of CDK5-p25 by roscovitine, aloisine and indirubin. | ||||||
要素 |
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キーワード | CELL CYCLE / COMPLEX(KINASE-ACTIVATOR) / INHIBITORS / NEURODEGENERATIVE DISEASES | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 superior olivary nucleus maturation / G1 to G0 transition involved in cell differentiation / protein kinase 5 complex / acetylcholine receptor activator activity / ErbB-2 class receptor binding / negative regulation of synaptic plasticity / contractile muscle fiber / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / neuron cell-cell adhesion / Activated NTRK2 signals through CDK5 ...superior olivary nucleus maturation / G1 to G0 transition involved in cell differentiation / protein kinase 5 complex / acetylcholine receptor activator activity / ErbB-2 class receptor binding / negative regulation of synaptic plasticity / contractile muscle fiber / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / neuron cell-cell adhesion / Activated NTRK2 signals through CDK5 / layer formation in cerebral cortex / receptor catabolic process / negative regulation of axon extension / protein localization to synapse / regulation of synaptic vesicle cycle / corpus callosum development / cerebellar cortex formation / regulation of dendritic spine morphogenesis / CRMPs in Sema3A signaling / NGF-stimulated transcription / synaptic transmission, dopaminergic / ErbB-3 class receptor binding / negative regulation of protein export from nucleus / axon extension / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / axonal fasciculation / calcium ion import / motor neuron axon guidance / regulation of synaptic vesicle recycling / embryo development ending in birth or egg hatching / dendrite morphogenesis / regulation of neuron differentiation / receptor clustering / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / synaptic vesicle transport / tau-protein kinase activity / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / protein kinase activator activity / central nervous system neuron development / beta-tubulin binding / oligodendrocyte differentiation / synaptic vesicle exocytosis / behavioral response to cocaine / negative regulation of cell cycle / DARPP-32 events / synaptic vesicle endocytosis / ephrin receptor signaling pathway / positive regulation of protein targeting to membrane / alpha-tubulin binding / regulation of protein localization to plasma membrane / regulation of macroautophagy / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Schwann cell development / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / phosphorylation / skeletal muscle tissue development / negative regulation of protein ubiquitination / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / ionotropic glutamate receptor binding / positive regulation of microtubule polymerization / synapse assembly / sensory perception of pain / NPAS4 regulates expression of target genes / ephrin receptor binding / regulation of cell migration / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / cell-matrix adhesion / axonogenesis / protein serine/threonine kinase activator activity / cerebellum development / excitatory postsynaptic potential / filopodium / axon guidance / synaptic transmission, glutamatergic / hippocampus development / regulation of actin cytoskeleton organization / negative regulation of proteolysis / intracellular protein transport / peptidyl-threonine phosphorylation / brain development / neuron migration / Hsp90 protein binding / visual learning / neuromuscular junction / tau protein binding / neuron differentiation / regulation of synaptic plasticity / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / microtubule cytoskeleton organization / positive regulation of neuron apoptotic process / cellular response to amyloid-beta / neuron projection development / actin filament binding / rhythmic process / p53 binding / cell junction / lamellipodium / kinase activity / presynapse / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Mapelli, M. / Crovace, C. / Massimiliano, L. / Musacchio, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2005 タイトル: Mechanism of Cdk5/P25 Binding by Cdk Inhibitors 著者: Mapelli, M. / Massimilinao, L. / Crovace, C. / Seeliger, M.A. / Tsai, L.-H. / Meijer, L. / Musacchio, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ung.cif.gz | 188.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ung.ent.gz | 150.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ung.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ung_validation.pdf.gz | 997.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ung_full_validation.pdf.gz | 965.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ung_validation.xml.gz | 38.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ung_validation.cif.gz | 53.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/1ung ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/1ung | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33349.477 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PFASTBAC / 細胞株 (発現宿主): SF9 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q00535, cyclin-dependent kinase #2: タンパク質 | 分子量: 23200.678 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 100-307 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PFASTBAC / 細胞株 (発現宿主): SF9 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q15078 #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.4 % |
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結晶化 | pH: 7 詳細: 13% PEG 3350, 0.1M KI, 0.1M BISTRISPROPANE PH 7.0, 10MM DTT |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→25 Å / Num. obs: 53731 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 9.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 97.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1H4L 解像度: 2.3→19.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.293 / ESU R Free: 0.201 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.42 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.76 Å
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拘束条件 |
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