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万見
- PDB-1umz: Xyloglucan endotransglycosylase in complex with the xyloglucan no... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1umz
タイトルXyloglucan endotransglycosylase in complex with the xyloglucan nonasaccharide XLLG.
要素XYLOGLUCAN ENDOTRANSGLYCOSYLASE
キーワードTRANSFERASE / GLYCOSIDE HYDROLASE / XET / XTH / XEH / TRANSGLYCOSYLATION / XYLOGLUCAN / GLYCOSYLTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


xyloglucan:xyloglucosyl transferase / xyloglucan:xyloglucosyl transferase activity / xyloglucan metabolic process / cell wall biogenesis / apoplast / polysaccharide binding / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / cell wall organization / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Xyloglucan endo-transglycosylase, C-terminal / Xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase / Xyloglucan endo-transglycosylase (XET) C-terminus / Beta-glucanase/XTH / Glycoside hydrolase, family 16, active site / Glycosyl hydrolases family 16 active sites. / Glycosyl hydrolases family 16 / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / Jelly Rolls - #200 ...Xyloglucan endo-transglycosylase, C-terminal / Xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase / Xyloglucan endo-transglycosylase (XET) C-terminus / Beta-glucanase/XTH / Glycoside hydrolase, family 16, active site / Glycosyl hydrolases family 16 active sites. / Glycosyl hydrolases family 16 / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Xyloglucan endotransglucosylase protein 34
類似検索 - 構成要素
生物種POPULUS TREMULA (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Johansson, P. / Brumer, H. / Kallas, A.M. / Henriksson, H. / Denman, S.E. / Teeri, T.T. / Jones, T.A.
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2004
タイトル: Crystal Structures of a Poplar Xyloglucan Endotransglycosylase Reveal Details of Transglycosylation Acceptor Binding
著者: Johansson, P. / Brumer, H. / Baumann, M.J. / Kallas, A.M. / Henriksson, H. / Denman, S.E. / Teeri, T.T. / Jones, T.A.
履歴
登録2003年9月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: XYLOGLUCAN ENDOTRANSGLYCOSYLASE
B: XYLOGLUCAN ENDOTRANSGLYCOSYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,0986
ポリマ－65,0632
非ポリマー3,0354
水4,414245
1
A: XYLOGLUCAN ENDOTRANSGLYCOSYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0493
ポリマ－32,5321
非ポリマー1,5172
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: XYLOGLUCAN ENDOTRANSGLYCOSYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0493
ポリマ－32,5321
非ポリマー1,5172
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)188.162, 188.162, 45.896
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.8446, 0.5335, 0.0456), (-0.5286, 0.8443, -0.0875), (-0.0852, 0.0498, 0.9951)
ベクター: -1.2948, 1.2361, 10.3606)

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要素

#1: タンパク質 XYLOGLUCAN ENDOTRANSGLYCOSYLASE


分子量: 32531.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) POPULUS TREMULA (植物) / 発現宿主: PICHIA PASTORIS (菌類)
参照: UniProt: Q8GZD5, xyloglucan:xyloglucosyl transferase
#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-xylopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-D-galactopyranose-(1-2)-alpha-D- ...alpha-D-xylopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-D-galactopyranose-(1-2)-alpha-D-xylopyranose-(1-6)]beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 930.808 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DXylpa1-6DGlcpb1-4[DGalpb1-2DXylpa1-6]DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5][a212h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-1-1-2-2-3/a4-b1_b4-c1_b6-e1_c6-d1_e2-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Xylp]{}}[(6+1)][a-D-Xylp]{[(2+1)][b-D-Galp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 %
結晶化pH: 7
詳細: 10 MG ML-1 PROTEIN SOLUTION 1:1 WITH 1.0 M NAOAC AND 0.2 M IMIDAZOLE PH 6.5
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
110 mg/mlprotein1drop
21.0 M1reservoirNaOAc
30.2 Mimidazole1reservoirpH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月15日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: DIAMOND (111), GE (220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 83886 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.61 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.662 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 71.7
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 29 Å / 冗長度: 3.61 % / Rmerge(I) obs: 0.063
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 71.7 % / Rmerge(I) obs: 0.662 / Mean I/σ(I) obs: 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UN1

1un1


解像度: 1.8→28.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 4215 5 %RANDOM
Rwork0.201 ---
obs0.203 79649 96.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→28.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4417 0 202 245 4864
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0214769
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.023955
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5621.9616489
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg4.16339145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9295529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2682
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025163
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.021092
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.2831
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2880.24437
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1210.22290
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2040.2248
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1690.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2690.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0940.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0381.52639
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.93524246
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.47832130
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9184.52242
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.302 230
Rwork0.272 4400
精密化
*PLUS
最低解像度: 29 Å / Rfactor Rfree: 0.221
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.56

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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