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- PDB-1um2: Crystal Structure of the Vma1-Derived Endonuclease with the Ligat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1um2
タイトルCrystal Structure of the Vma1-Derived Endonuclease with the Ligated Extein Segment
要素
  • 21-mer from Vacuolar ATP synthase catalytic subunit A
  • ENDONUCLEASE PI-SCEI
キーワードHYDROLASE / Protein splicing / Vma1-derived endonuclease / VDE / intein / extein / thiazolidine
機能・相同性
機能・相同性情報


Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / ROS and RNS production in phagocytes / Amino acids regulate mTORC1 / Golgi lumen acidification / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / endosomal lumen acidification / proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / intron homing ...Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / ROS and RNS production in phagocytes / Amino acids regulate mTORC1 / Golgi lumen acidification / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / endosomal lumen acidification / proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / intron homing / intein-mediated protein splicing / vacuolar acidification / fungal-type vacuole membrane / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / H+-transporting two-sector ATPase / ATP metabolic process / proton transmembrane transport / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / Golgi membrane / mRNA binding / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Homing endonuclease PI-Sce / Homing endonuclease / Hom-end-associated Hint / Hom_end-associated Hint / Endonuclease - Pi-scei; Chain A, domain 1 / Hedgehog/Intein (Hint) domain / Intein / Homing endonucleases / Endonuclease I-creI / Intein DOD homing endonuclease ...Homing endonuclease PI-Sce / Homing endonuclease / Hom-end-associated Hint / Hom_end-associated Hint / Endonuclease - Pi-scei; Chain A, domain 1 / Hedgehog/Intein (Hint) domain / Intein / Homing endonucleases / Endonuclease I-creI / Intein DOD homing endonuclease / Intein DOD-type homing endonuclease domain profile. / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Homing endonuclease / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / V-type ATP synthase catalytic alpha chain / ATPsynthase alpha/beta subunit, N-terminal extension / ATPsynthase alpha/beta subunit barrel-sandwich domain / Hint domain superfamily / : / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / C-terminal domain of V and A type ATP synthase / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / Beta Complex / Roll / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
V-type proton ATPase catalytic subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Mizutani, R. / Anraku, Y. / Satow, Y.
引用
ジャーナル: J.Synchrotron Radiat. / 年: 2004
タイトル: Protein splicing of yeast VMA1-derived endonuclease via thiazolidine intermediates.
著者: Mizutani, R. / Anraku, Y. / Satow, Y.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Protein-splicing reaction via a thiazolidine intermediate: crystal structure of the VMA1-derived endonuclease bearing the N and C-terminal propeptides
著者: Mizutani, R. / Nogami, S. / Kawasaki, M. / Ohya, Y. / Anraku, Y. / Satow, Y.
履歴
登録2003年9月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年8月23日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI
改定 1.52021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDONUCLEASE PI-SCEI
B: ENDONUCLEASE PI-SCEI
C: 21-mer from Vacuolar ATP synthase catalytic subunit A
D: 21-mer from Vacuolar ATP synthase catalytic subunit A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,3904
ポリマ－106,3904
非ポリマー00
水2,756153
1
A: ENDONUCLEASE PI-SCEI
C: 21-mer from Vacuolar ATP synthase catalytic subunit A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1952
ポリマ－53,1952
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ENDONUCLEASE PI-SCEI
D: 21-mer from Vacuolar ATP synthase catalytic subunit A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1952
ポリマ－53,1952
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.4, 70.4, 58.0
Angle α, β, γ (deg.)100.4, 98.7, 78.9
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 ENDONUCLEASE PI-SCEI / VMA1-DERIVED ENDONUCLEASE X10SNS


分子量: 50963.789 Da / 分子数: 2 / 変異: C284S, H362N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: vma1 / プラスミド: pET-17b-VDE-X10SNS / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P17255, H+-transporting two-sector ATPase
#2: タンパク質・ペプチド 21-mer from Vacuolar ATP synthase catalytic subunit A / 21-mer from VMA1-DERIVED ENDONUCLEASE X10SNS


分子量: 2231.400 Da / 分子数: 2 / 変異: C738S / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The N-extein segments: residues 273-283 and C-extein segments: 738-747 were ligated by protein splicing. residue 283 links with residue 738
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: vma1 / プラスミド: pET-17b-VDE-X10SNS / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P17255, H+-transporting two-sector ATPase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: PEG 6000, BistrisHCl, 2-mercaptoethanol, magnesium chloride, cadmium chloride, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL40B2 / 波長: 0.7 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年3月17日
詳細: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR AND BENT-CYLINDER MIRROR
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. all: 20700 / Num. obs: 20700 / % possible obs: 83 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.051
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / Rmerge(I) obs: 0.141 / Num. unique all: 1519 / % possible all: 60.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1jva

1jva


解像度: 2.9→30 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.283 922 RANDOM
Rwork0.214 --
all0.217 20700 -
obs0.217 20700 -
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6712 0 0 153 6865
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.72
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.01

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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