PDB-1sli: LEECH INTRAMOLECULAR TRANS-SIALIDASE COMPLEXED WITH DANA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1sli

タイトル

LEECH INTRAMOLECULAR TRANS-SIALIDASE COMPLEXED WITH DANA

要素

INTRAMOLECULAR TRANS-SIALIDASE

キーワード

HYDROLASE / INTRAMOLECULAR TRANS-SIALIDASE / NEURAMINIDASE

機能・相同性

機能・相同性情報

anhydrosialidase / anhydrosialidase activity / ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-sialidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / extracellular region / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Macrobdella decora (無脊椎動物)

手法

X線回折 / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2 Å

データ登録者

Luo, Y. / Li, S.C. / Chou, M.Y. / Li, Y.T. / Luo, M.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: The crystal structure of an intramolecular trans-sialidase with a NeuAc alpha2-->3Gal specificity.
著者: Luo, Y. / Li, S.C. / Chou, M.Y. / Li, Y.T. / Luo, M.

履歴

登録	1998年3月28日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1999年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月3日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp / pdbx_database_status ...chem_comp / pdbx_database_status / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.type / _pdbx_database_status.process_site / 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1sli.cif.gz	157.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1sli.ent.gz	120.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1sli.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/1sli ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/1sli	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1sllC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3sli-d 4yz4-1 4xhx-d 4yw3-2 4yz1-1 4sli-d 4fow-d 4fpl-d 5f9t-1 4yw5-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#113 - 2009年5月インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase) 類似性 (2) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: INTRAMOLECULAR TRANS-SIALIDASE

ヘテロ分子

74.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.443, 69.516, 72.514
Angle α, β, γ (deg.)	113.14, 95.39, 106.87
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	INTRAMOLECULAR TRANS-SIALIDASE 分子量: 74565.688 Da / 分子数: 1 / 断片: DEVOID OF N-TERMINAL 28 RESIDUES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macrobdella decora (無脊椎動物) / 遺伝子: T7 / プラスミド: E2-M10 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): T7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q27701, exo-alpha-sialidase
#2: 糖	ChemComp-DAN / 2-DEOXY-2,3-DEHYDRO-N-ACETYL-NEURAMINIC ACID / Neu5Ac2en / N-アセチル-2,3-ジデヒドロ-2-デオキシ-α-ノイラミン酸タイプ: D-saccharide / 分子量: 291.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₇NO₈
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 617 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 40 %

結晶化

pH: 6.3 / 詳細: pH 6.3

結晶化

*PLUS

手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式
1	5 mg/ml	enzyme	1	drop
2	0.1 M	cacodylate	1	reservoir
3	20 %	PEG6000	1	reservoir
4	0.25 M		1	reservoir	NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年5月24日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 53170 / % possible obs: 74 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.4 % / B_iso Wilson estimate: 11.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.043 / R_sym value: 0.043 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 1.2 % / R_merge(I) obs: 0.248 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / R_sym value: 0.248 / % possible all: 56.3
反射	PLUS Num. measured all*: 72285
反射シェル	PLUS % possible obs*: 56.3 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
X-PLOR	3.85	モデル構築
X-PLOR	3.85	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
X-PLOR	3.85	位相決定

精密化

構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER
開始モデル: NATIVE STRUCTURE

解像度: 2→6 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.224	-	10 %	RANDOM
R_work	0.167	-	-	-
obs	0.167	47213	93.4 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5257	0	0	681	5938

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file
X-RAY DIFFRACTION	1	PARHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION	2	PARAM19.SOL
X-RAY DIFFRACTION	3	PARAM3.CHO

ソフトウェア

*PLUS

名称:

X-PLOR / バージョン: 3.85 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

Num. reflection obs: 52955 / R_factor obs: 0.182 / R_factor R_free: 0.228

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	1.61
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_deg	26.5
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_deg	1.28

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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