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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ukz | ||||||
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タイトル | SUBSTRATE SPECIFICITY AND ASSEMBLY OF CATALYTIC CENTER DERIVED FROM TWO STRUCTURES OF LIGATED URIDYLATE KINASE | ||||||
![]() | URIDYLATE KINASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() UMP/dUMP kinase activity / UMP/CMP kinase / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / CDP biosynthetic process / (d)CMP kinase activity / UMP kinase activity / adenylate kinase activity / UDP biosynthetic process / nucleobase-containing compound metabolic process / nucleoside diphosphate kinase activity ...UMP/dUMP kinase activity / UMP/CMP kinase / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / CDP biosynthetic process / (d)CMP kinase activity / UMP kinase activity / adenylate kinase activity / UDP biosynthetic process / nucleobase-containing compound metabolic process / nucleoside diphosphate kinase activity / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / phosphorylation / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Mueller-Dieckmann, H.-J. / Schulz, G.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Substrate specificity and assembly of the catalytic center derived from two structures of ligated uridylate kinase. 著者: Muller-Dieckmann, H.J. / Schulz, G.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 54.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 39 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 106 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22834.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 参照: UniProt: P15700, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; リン酸基に移すもの |
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#2: 化合物 | ChemComp-ADP / |
#3: 化合物 | ChemComp-AMP / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
非ポリマーの詳細 | THE ADP MOLECULE IS BOUND AT THE ATP-BINDING SITE AND THE AMP AT THE NMP-BINDING SITE. THE ENZYME ...THE ADP MOLECULE IS BOUND AT THE ATP-BINDING SITE AND THE AMP AT THE NMP-BINDING SITE. THE ENZYME CONTAINS AN ADP AND AN AMP MOLECULE. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.08 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.93 Å / Num. obs: 17480 / % possible obs: 97 % / Num. measured all: 84238 |
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反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.93 Å / 最低解像度: 1.95 Å / % possible obs: 96 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.9→10 Å / σ(F): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection all: 17480 / Rfactor all: 0.196 / 最高解像度: 1.93 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 1.45 |