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万見
- PDB-1ukk: Structure of Osmotically Inducible Protein C from Thermus thermophilus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ukk
タイトルStructure of Osmotically Inducible Protein C from Thermus thermophilus
要素Osmotically Inducible Protein C
キーワードOXIDOREDUCTASE / peroxidase / cysteinesulfinic acid / osmotic / inducible / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxidase activity / response to oxidative stress
類似検索 - 分子機能
Peroxiredoxin OsmC / OsmC/Ohr family / OsmC/Ohr superfamily / OsmC-like protein / K homology (KH) domain / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / K homology domain-like, alpha/beta / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Osmotically inducible protein C
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Rehse, P.H. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / Miyano, M. / Tahirov, T.H. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: J.MOL.BIOL. / 年: 2004
タイトル: Crystallographic Structure and Biochemical Analysis of the Thermus thermophilus Osmotically Inducible Protein C
著者: Rehse, P.H. / Oshima, N. / Nodaka, Y. / Tahirov, T.H.
履歴
登録2003年8月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Osmotically Inducible Protein C
B: Osmotically Inducible Protein C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0343
ポリマ－30,9122
非ポリマー1221
水3,837213
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6130 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area12480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.58, 40.95, 48.14
Angle α, β, γ (deg.)76.93, 74.04, 64.05
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The biological assembly corresponds to the dimer found in the assymetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Osmotically Inducible Protein C


分子量: 15456.159 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: P84124
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.61 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: PEG 4000, Tris-HCl, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 0.97894, 0.97910, 0.97920, 0.97500, 1.000
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月28日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978941
20.97911
30.97921
40.9751
511
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. all: 30286 / Num. obs: 30286 / % possible obs: 90.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.85 % / Rmerge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 1.76 % / Rmerge(I) obs: 0.162 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 79.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 2.12 / SU ML: 0.074 / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23222 1535 5.1 %RANDOM
Rwork0.17798 ---
all0.18068 28490 --
obs0.18068 28490 93.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.284 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.96 Å2-0.2 Å20.26 Å2
2--0.35 Å21.8 Å2
3----0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2132 0 8 213 2353
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0212225
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022089
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8991.9913012
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.82834880
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9995290
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.2339
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022488
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02432
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.2413
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2670.22436
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.21384
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1690.2136
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1590.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2910.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1110.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2981.51436
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.26922303
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5083789
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.9154.5707
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.298 80
Rwork0.234 1718

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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