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- PDB-1ujp: Crystal Structure of Tryptophan Synthase A-Subunit From Thermus t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ujp
タイトルCrystal Structure of Tryptophan Synthase A-Subunit From Thermus thermophilus HB8
要素Tryptophan synthase alpha chain
キーワードLYASE / Tryptophan Synthase / Tryptophan / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tryptophan synthase, alpha chain / Tryptophan synthase, alpha chain, active site / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase alpha chain signature. / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Tryptophan synthase alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.34 Å
データ登録者Asada, Y. / Yokoyama, S. / Kuramitsu, S. / Miyano, M. / Kunishima, N. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 2005
タイトル: Stabilization mechanism of the tryptophan synthase alpha-subunit from Thermus thermophilus HB8: X-ray crystallographic analysis and calorimetry.
著者: Asada, Y. / Sawano, M. / Ogasahara, K. / Nakamura, J. / Ota, M. / Kuroishi, C. / Sugahara, M. / Yutani, K. / Kunishima, N.
履歴
登録2003年8月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophan synthase alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1702
ポリマ－28,9781
非ポリマー1921
水5,459303
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.400, 76.868, 42.774
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.08, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan Synthase A-Subunit


分子量: 28977.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P16608, tryptophan synthase
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.18 %
結晶化温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.6
詳細: Ammonium Acetate, tri-Sodium Citrate dihydrate, PEG 4000, Glycerol anhydrous, pH 5.6, MICROBATCH, temperature 291K
結晶化
*PLUS
温度: 291 K / pH: 8 / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
128.27 mg/mlprotein11
220 mMTris-HCl11pH8.0
30.2 M11NaCl
40.17 Mammonium acetate12
585 mMcitrate-NaOH12pH5.6
625.5 %(w/v)PEG400012
715 %(v/v)glycerol12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 0.8 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年6月5日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Bending Magnet / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.34→30 Å / Num. all: 55454 / Num. obs: 55454 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 13.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 1.34→1.39 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.356 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 5551 / Rsym value: 0.304 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. measured all: 201760
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GEQ

1geq


解像度: 1.34→27.3 Å / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 2621 -RANDOM
Rwork0.203 ---
all0.204 55414 --
obs0.204 55414 99.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 17.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.97 Å20 Å21.4 Å2
2--2.32 Å20 Å2
3----0.35 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.18 Å0.16 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.14 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.34→27.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1833 0 13 303 2149
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
LS精密化 シェル解像度: 1.34→1.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.015
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 332 -
Rwork0.255 --
obs-6554 99.4 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 1.39 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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