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- PDB-1ui6: Crystal structure of gamma-butyrolactone receptor (ArpA-like protein) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ui6
タイトルCrystal structure of gamma-butyrolactone receptor (ArpA-like protein)
要素A-factor receptor homolog
キーワードANTIBIOTIC / helix-turn-helix / alpha-helix bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family ...: / : / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Natsume, R. / Senda, T. / Horinouchi, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of a gamma-butyrolactone autoregulator receptor protein in Streptomyces coelicolor A3(2)
著者: Natsume, R. / Ohnishi, Y. / Senda, T. / Horinouchi, S.
履歴
登録2003年7月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: A-factor receptor homolog
B: A-factor receptor homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4392
ポリマ－47,4392
非ポリマー00
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1990 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area19050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.792, 69.562, 148.933
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Biological assembly is a dimer that is contained in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 A-factor receptor homolog / CprB / bacterial autoregulator receptor protein / gamma-butyrolactone receptor


分子量: 23719.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア)
株: A3(2) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O66122
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 6000, lithium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月18日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 31849 / Num. obs: 31849 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 31.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.205 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 3591 / Rsym value: 0.205 / % possible all: 91.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UI5

1ui5


解像度: 2.4→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.869 / SU B: 13.834 / SU ML: 0.336 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.782 / ESU R Free: 0.336 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28401 751 5.1 %RANDOM
Rwork0.22493 ---
all0.22787 15231 --
obs0.22787 13950 91.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.08 Å20 Å20 Å2
2---0.68 Å20 Å2
3----1.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3025 0 0 57 3082
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0213079
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022970
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5731.9564171
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81836795
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.2643382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.0915551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2487
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023413
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02685
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.260.3794
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2190.32848
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.5106
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0020.51
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2780.324
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1960.358
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2970.512
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8741.51921
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.66823085
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.69431158
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7054.51086
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.304 63
Rwork0.214 993
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4497-1.19952.10363.02711.52063.92950.156-0.0224-0.274-0.1825-0.0612-0.03270.3488-0.2806-0.09480.1078-0.02410.04740.06720.00010.12356.21766.806-8.409
20.4153-0.2445-0.49441.4544-0.2392.63110.0080.01-0.01230.14480.00040.0825-0.0186-0.0149-0.00850.05860.0205-0.00860.1156-0.01790.095260.34387.47215.191
34.53610.64481.33933.13040.98223.02980.0121-0.15680.0807-0.3695-0.04660.17930.00790.01980.03460.17-0.0178-0.0390.1047-0.04070.072350.96749.62922.398
41.28920.28790.39392.38661.00172.0333-0.12960.01620.02-0.18080.10650.096-0.07960.01920.02310.1193-0.0023-0.05810.08340.05840.067648.04679.25731.019
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA4 - 534 - 53
2X-RAY DIFFRACTION2AA75 - 21275 - 212
3X-RAY DIFFRACTION3BB6 - 536 - 53
4X-RAY DIFFRACTION4BB75 - 21275 - 212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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