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- PDB-1uhx: Crystal structure of d(GCGAGAGC): the base-intercalated duplex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uhx
タイトルCrystal structure of d(GCGAGAGC): the base-intercalated duplex
要素5'-D(*GP*(CBR)P*GP*AP*GP*AP*GP*C)-3'
キーワードDNA (デオキシリボ核酸) / base-intercalated duplex / base-intercalated motif / sheared G:A pair / Deoxyribonucleic acid (デオキシリボ核酸)
機能・相同性COBALT HEXAMMINE(III) / デオキシリボ核酸
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kondo, J. / Umeda, S.I. / Fujita, K. / Sunami, T. / Takenaka, A.
引用ジャーナル: J.Synchrotron Radiat. / 年: 2004
タイトル: X-ray analyses of d(GCGAXAGC) containing G and T at X: the base-intercalated duplex is still stable even in point mutants at the fifth residue.
著者: Kondo, J. / Umeda, S.I. / Fujita, K. / Sunami, T. / Takenaka, A.
履歴
登録2003年7月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年10月22日Group: Derived calculations
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*GP*(CBR)P*GP*AP*GP*AP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,7995
ポリマ－2,5561
非ポリマー2444
水1,24369
1
A: 5'-D(*GP*(CBR)P*GP*AP*GP*AP*GP*C)-3'
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,79630
ポリマ－15,3336
非ポリマー1,46324
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/21
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/21
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)37.670, 37.670, 65.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-80-

CL

21A-81-

NA

31A-78-

NCO

41A-24-

HOH

51A-37-

HOH

61A-45-

HOH

71A-46-

HOH

81A-59-

HOH

91A-61-

HOH

101A-75-

HOH

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要素

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DNA鎖 , 1種, 1分子 A

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*(CBR)P*GP*AP*GP*AP*GP*C)-3'


分子量: 2555.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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非ポリマー , 5種, 73分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2-methyl-2,4-pentandiol, hexamine cobalt chloride, magnesium chloride, sodium succinate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
12-methyl-2,4-pentandiol11
2hexamine cobalt chloride11
3magnesium chloride11
4sodium succinate11
5hexamine cobalt chloride12
6magnesium chloride12
7sodium succinate12
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
10.5 mMDNA1drop
250 mMsodium succinate1reservoirpH7.0
31 mMhexamine cobalt chloride1reservoir
410 mM1reservoirMgCl2
520 %(v/v)MPD1reservoir
61
71

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-18B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→29.2 Å / Num. all: 2142 / Num. obs: 2142 / % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.323 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最低解像度: 29 Å / Num. measured all: 104504
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3
立体化学のターゲット値: G. PARKINSON ET AL., (1996) ACTACRYST. D52, 57-64
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 179 -RANDOM
Rwork0.22 ---
all-2125 --
obs-2030 95.5 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.633 Å2-5.489 Å20 Å2
2---4.633 Å20 Å2
3---9.266 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 166 10 69 245
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
LS精密化 シェル解像度: 2→2.09 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.469 16
Rwork0.288 -
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.22
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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