[日本語] English
万見
- PDB-1uhb: Crystal structure of porcine alpha trypsin bound with auto cataly... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uhb
タイトルCrystal structure of porcine alpha trypsin bound with auto catalyticaly produced native peptide at 2.15 A resolution
要素
  • (Trypsin) x 2
  • 9-mer peptide from Trypsin
キーワードHYDROLASE / Serine Protease / peptide trypsin complex
機能・相同性
機能・相同性情報


trypsin / digestion / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin ...: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Trypsin
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Pattabhi, V. / Syed Ibrahim, B. / Shamaladevi, N.
引用
ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 2004
タイトル: Trypsin activity reduced by an autocatalytically produced nonapeptide.
著者: Ibrahim, B.S. / Shamaladevi, N. / Pattabhi, V.
#1: ジャーナル: BIOCHIM.BIOPHYS.ACTA / 年: 1999
タイトル: Crystal structure at 1.63 A resolution of the native form of porcine beta-trypsin: revealing an acetate ion binding site and functional water network
著者: Johnson, A. / Gautham, N. / Pattabhi, V.
履歴
登録2003年6月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.52023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Trypsin
B: Trypsin
P: 9-mer peptide from Trypsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5085
ポリマ－24,4083
非ポリマー992
水2,648147
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6800 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area9400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.945, 53.921, 77.245
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Trypsin


分子量: 13303.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P00761, trypsin
#2: タンパク質 Trypsin


分子量: 10207.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P00761, trypsin

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 P

#3: タンパク質・ペプチド 9-mer peptide from Trypsin


分子量: 896.901 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: It is an oligopeptide fragment from native trypsin by auto catalysis of trypsin produced during preparation of trypsin.
由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P00761, trypsin

-
非ポリマー , 3種, 149分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 1.5M ammonium sulphate, pH 6.70, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→76.7 Å / Num. all: 11187 / Num. obs: 9847 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.14
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Num. unique all: 9847

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
DENZOデータ削減
CNS精密化
REFMAC5精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb code 1qqu

1qqu


解像度: 2.15→19.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 8.915 / SU ML: 0.236 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.378 / ESU R Free: 0.229 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22787 467 4.7 %RANDOM
Rwork0.193 ---
all0.193 11187 --
obs0.193 9425 88.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.896 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.61 Å20 Å20 Å2
2--0.37 Å20 Å2
3---1.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→19.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1704 0 5 147 1856
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.040.0211727
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.021496
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5971.9442342
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.47433513
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6763226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg19.01615293
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1810.2264
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.021943
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.02313
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3910.3460
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2560.31612
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0220.51
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.7470.5197
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.010.51
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4960.361
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.5490.392
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2340.522
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1371.51134
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.31621809
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.2423593
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.3584.5533
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.234 487
Rwork0.2 637

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る