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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ugk | ||||||
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タイトル | Solution structure of the first C2 domain of synaptotagmin IV from human fetal brain (KIAA1342) | ||||||
要素 | Synaptotagmin IV | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / BETA SANDWICH / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / negative regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / vesicle fusion with vesicle / secretory granule maturation / negative regulation of dense core granule exocytosis / positive regulation of dense core granule exocytosis / negative regulation of retrograde trans-synaptic signaling by neuropeptide / dense core granule membrane / negative regulation of catecholamine secretion / negative regulation of vesicle fusion ...: / negative regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / vesicle fusion with vesicle / secretory granule maturation / negative regulation of dense core granule exocytosis / positive regulation of dense core granule exocytosis / negative regulation of retrograde trans-synaptic signaling by neuropeptide / dense core granule membrane / negative regulation of catecholamine secretion / negative regulation of vesicle fusion / : / : / microvesicle / syntaxin-3 binding / dense core granule cytoskeletal transport / 小胞融合 / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / exocytic vesicle / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / calcium-ion regulated exocytosis / astrocyte projection / positive regulation of dendrite extension / neurotransmitter secretion / calcium-dependent phospholipid binding / neuron projection terminus / positive regulation of glutamate secretion / syntaxin-1 binding / clathrin binding / regulation of dopamine secretion / phosphatidylserine binding / neuronal dense core vesicle / regulation of endocytosis / negative regulation of protein secretion / vesicle-mediated transport / cellular response to calcium ion / SNARE binding / brain development / 記憶 / neuron projection / protein heterodimerization activity / 神経繊維 / intracellular membrane-bounded organelle / neuronal cell body / シナプス / 樹状突起 / calcium ion binding / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Nagashima, T. / Hayashi, F. / Shirouzu, M. / Terada, T. / Kigawa, T. / Inoue, M. / Yabuki, T. / Aoki, M. / Seki, E. / Matsuda, T. ...Nagashima, T. / Hayashi, F. / Shirouzu, M. / Terada, T. / Kigawa, T. / Inoue, M. / Yabuki, T. / Aoki, M. / Seki, E. / Matsuda, T. / Hirota, H. / Yoshida, M. / Tanaka, A. / Osanai, T. / Matsuo, Y. / Ohara, O. / Nagase, T. / Kikuno, R. / Nakayama, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Solution structure of the first C2 domain of synaptotagmin IV from human fetal brain (KIAA1342) 著者: Nagashima, T. / Hayashi, F. / Shirouzu, M. / Terada, T. / Kigawa, T. / Inoue, M. / Yabuki, T. / Aoki, M. / Seki, E. / Matsuda, T. / Hirota, H. / Yoshida, M. / Tanaka, A. / Osanai, T. / ...著者: Nagashima, T. / Hayashi, F. / Shirouzu, M. / Terada, T. / Kigawa, T. / Inoue, M. / Yabuki, T. / Aoki, M. / Seki, E. / Matsuda, T. / Hirota, H. / Yoshida, M. / Tanaka, A. / Osanai, T. / Matsuo, Y. / Ohara, O. / Nagase, T. / Kikuno, R. / Nakayama, M. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ugk.cif.gz | 846.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ugk.ent.gz | 705.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ugk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/1ugk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/1ugk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15519.801 Da / 分子数: 1 / 断片: C2 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Cell-free protein synthesis / 遺伝子: Kazusa cDNA fj00418 / プラスミド: P020924-36 / 参照: UniProt: Q9H2B2 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 0.75mM 13C, 15N-labeled protein; 20mM Tris-d11; 100mM NaCl; 1mM DTT; 0.1mM NaN3; 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 120mM / pH: 7.1 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 800 MHz |
-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, target function 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |