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万見
- PDB-1uek: Crystal structure of 4-(cytidine 5'-diphospho)-2C-methyl-D-erythr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uek
タイトルCrystal structure of 4-(cytidine 5'-diphospho)-2C-methyl-D-erythritol kinase
要素4-(cytidine 5'-diphospho)-2C-methyl-D-erythritol kinase
キーワードTRANSFERASE / non-mevalonate pathway / GHMP superfamily / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


4-(cytidine 5'-diphospho)-2-C-methyl-D-erythritol kinase / 4-(cytidine 5'-diphospho)-2-C-methyl-D-erythritol kinase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol kinase / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinases C terminal / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinase N-terminal domain / GHMP kinases N terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup ...4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol kinase / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinases C terminal / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinase N-terminal domain / GHMP kinases N terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-diphosphocytidyl-2-C-methyl-D-erythritol kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Wada, T. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / Tame, J.R.H. / Park, S.Y. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of 4-(Cytidine 5'-diphospho)-2-C-methyl-D-erythritol kinase, an Enzyme in the Non-mevalonate Pathway of Isoprenoid Synthesis.
著者: Wada, T. / Kuzuyama, T. / Satoh, S. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / Unzai, S. / Tame, J.R. / Park, S.Y.
履歴
登録2003年5月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-(cytidine 5'-diphospho)-2C-methyl-D-erythritol kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2871
ポリマ－29,2871
非ポリマー00
水3,567198
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.603, 66.210, 76.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Tne biological unit is a monomer in an asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 4-(cytidine 5'-diphospho)-2C-methyl-D-erythritol kinase


分子量: 29286.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
遺伝子: ychB / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)
参照: UniProt: P83700, 4-(cytidine 5'-diphospho)-2-C-methyl-D-erythritol kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: sodium acetate, isopropanol, butanol, PEG 4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
133 mMTris-HCl1reservoirpH8.5
267 mMsodium acetate1reservoir
313 %isopropanol1reservoir
48 %butanol1reservoir
513 %PEG40001reservoir
620 mMTris-HCl1droppH8.0
750 mM1dropNaCl
82.2 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL44B210.9709, 0.9794, 0.9799, 0.9822
シンクロトロンSPring-8 BL44B220.9794
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1CCD2002年12月10日
MARRESEARCH2CCD2002年12月10日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111MADMx-ray1
2Si 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97091
20.97941
30.97991
40.98221
反射解像度: 1.7→20 Å / Num. all: 80882 / Num. obs: 95700 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Rmerge(I) obs: 0.264
反射
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 26111
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 71.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→19.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 2.445 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.113
詳細: The bond distance of CG-SD in MET A 230 is slightly long.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21796 1252 4.8 %RANDOM
Rwork0.18248 ---
obs0.18419 24710 94.6 %-
all-26111 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.251 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.56 Å20 Å20 Å2
2---0.56 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2032 0 0 198 2230
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0212085
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5011.9892831
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.995267
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2300
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021642
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.2895
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.2156
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1850.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0870.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9141.51328
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.68122097
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8033757
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7144.5734
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.239 69
Rwork0.257 1332
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.218 / Rfactor Rwork: 0.182
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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