[日本語] English
万見
- PDB-1uci: Mutants of RNase Sa -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uci
タイトルMutants of RNase Sa
要素Guanyl-specific ribonuclease Sa
キーワードHYDROLASE / Protein Stability / Hydrogen Bond / Burial Polar
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease T1 / ribonuclease T1 activity / hydrolase activity / RNA binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Microbial ribonucleases / Guanine-specific ribonuclease N1/T1/U2 / Ribonuclease/ribotoxin / ribonuclease / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanyl-specific ribonuclease Sa
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces aureofaciens (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Takano, K. / Scholtz, J.M. / Sacchettini, J.C. / Pace, C.N.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: The contribution of polar group burial to protein stability is strongly context-dependent
著者: Takano, K. / Scholtz, J.M. / Sacchettini, J.C. / Pace, C.N.
履歴
登録2003年4月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Guanyl-specific ribonuclease Sa
B: Guanyl-specific ribonuclease Sa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2653
ポリマ－21,1692
非ポリマー961
水5,765320
1
A: Guanyl-specific ribonuclease Sa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6812
ポリマ－10,5841
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Guanyl-specific ribonuclease Sa


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5841
ポリマ－10,5841
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.115, 77.938, 38.507
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Guanyl-specific ribonuclease Sa / RNase Sa


分子量: 10584.465 Da / 分子数: 2 / 変異: V2T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces aureofaciens (バクテリア)
プラスミド: pEH100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05798, EC: 3.1.27.3
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.6M ammonium sulfate, 0.1M MES pH 6.5, 10%(v/v) dioxane, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.2 Msodium phosphate1droppH7.0
210 mg/mlprotein1drop
31.6 Mammonium sulfate1reservoir
40.1 MMES1reservoirpH6.5
510 %dioxane1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 1.8 Å / Num. all: 18181 / Num. obs: 18102 / % possible obs: 99.4 % / Biso Wilson estimate: 4.7 Å2
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 18181 / Num. measured all: 98400 / Rmerge(I) obs: 0.048

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→14.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 877567.23 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 1780 9.9 %RANDOM
Rwork0.169 ---
obs0.169 18053 98.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 57.1975 Å2 / ksol: 0.437312 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 11.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.92 Å20 Å20 Å2
2--1.39 Å20 Å2
3---0.53 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.21 Å0.16 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.09 Å-0.01 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→14.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1492 0 5 320 1817
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.67
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.471.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.292
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.872
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.432.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.21 272 10.1 %
Rwork0.163 2434 -
obs--89.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
最低解像度: 15 Å / Num. reflection obs: 18043 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.207
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.67

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る