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万見
- PDB-1uc6: Solution Structure of the Carboxyl Terminal Domain of the Ciliary... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uc6
タイトルSolution Structure of the Carboxyl Terminal Domain of the Ciliary Neurotrophic Factor Receptor
要素Ciliary Neurotrophic Factor Receptor alpha
キーワードPROTEIN BINDING / cytokine / ciliary neurotrophic factor / leukemia inhibitory factor / cytokine receptor / fibronectin type III domain-like topology / seven beta-strands / two anti-parallel beta-sheets
機能・相同性
機能・相同性情報


CNTFR-CLCF1 complex / skeletal muscle organ development / ciliary neurotrophic factor receptor activity / ciliary neurotrophic factor-mediated signaling pathway / interleukin-11 receptor activity / interleukin-11 binding / ciliary neurotrophic factor receptor complex / brainstem development / sex differentiation / suckling behavior ...CNTFR-CLCF1 complex / skeletal muscle organ development / ciliary neurotrophic factor receptor activity / ciliary neurotrophic factor-mediated signaling pathway / interleukin-11 receptor activity / interleukin-11 binding / ciliary neurotrophic factor receptor complex / brainstem development / sex differentiation / suckling behavior / negative regulation of motor neuron apoptotic process / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / motor neuron apoptotic process / extrinsic component of membrane / cytokine binding / nervous system development / negative regulation of neuron apoptotic process / apical plasma membrane / signaling receptor binding / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily ...: / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ciliary neurotrophic factor receptor subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model type detailsminimized average
データ登録者Man, D. / He, W. / Sze, K.H. / Ke, G. / Smith, D.K. / Ip, N.Y. / Zhu, G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Solution structure of the C-terminal domain of the ciliary neurotrophic factor (CNTF) receptor and ligand free associations among components of the CNTF receptor complex
著者: Man, D. / He, W. / Sze, K.H. / Gong, K. / Smith, D.K. / Zhu, G. / Ip, N.Y.
履歴
登録2003年4月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ciliary Neurotrophic Factor Receptor alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3341
ポリマ－12,3341
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)21 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 Ciliary Neurotrophic Factor Receptor alpha / CNTF receptor


分子量: 12333.676 Da / 分子数: 1 / 断片: Carboxyl Terminal Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX-6p1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P26992

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1223D 13C-separated NOESY
132HNHA
141nJ-HMQC
NMR実験の詳細Text: For determination of hydrogen bonds, amide protons exchanging slowly with deuterons were identified by time course 1H-15N HSQC experiments on a freeze-dried 15N-labelled sample of BC dissolved in D2O buffer.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12mM CNTFR-BC U-15N; 100mM NaCl, 10mM sodium phosphate, 0.1mM EDTA90% H2O, 10% D2O, pH 6.5
21.3mM CNTFR-BC U-15N,13C; 100mM NaCl, 10mM sodium phosphate, 0.1mM EDTA90% H2O, 10% D2O, pH 6.5
試料状態イオン強度: 100mM NaCl, 10mM sodium phosphate, 0.1mM EDTA
pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA7501
Varian INOVAVarianINOVA5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1CVariancollection
NMRPipe2F. Delaglio解析
PIPP1Garrett Dデータ解析
Sparky1.06Goddard, T. Dデータ解析
ARIA1.1Nilges, M.構造決定
CNS1.1Brunger, A.T.構造決定
CNS1.1精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Following identification of the global fold from manual inspection of the nuclear Overhauser effect spectroscopy data, ambiguous NOE restraints were resolved using the iterative ARIA method ...詳細: Following identification of the global fold from manual inspection of the nuclear Overhauser effect spectroscopy data, ambiguous NOE restraints were resolved using the iterative ARIA method (Nilges et al., 1997) and the structure was determined by simulated annealing using the CNS package.
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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