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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ubj | |||||||||
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タイトル | Three-dimensional Structure of The Carbon Monoxide Complex of [NiFe]hydrogenase From Desulufovibrio vulgaris Miyazaki F | |||||||||
要素 | (Periplasmic [NiFe] hydrogenase ...) x 2 | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / High resolution crystal structure / [NiFe]hydrogenase / Carbon Monoxide Complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytochrome-c3 hydrogenase / cytochrome-c3 hydrogenase activity / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space ...cytochrome-c3 hydrogenase / cytochrome-c3 hydrogenase activity / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space / electron transfer activity / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F' (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.35 Å | |||||||||
データ登録者 | Ogata, H. / Mizoguchi, Y. / Mizuno, N. / Miki, K. / Adachi, S. / Yasuoka, N. / Yagi, T. / Yamauchi, O. / Hirota, S. / Higuchi, Y. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2002 タイトル: Structural Studies of the Carbon Monoxide Complex of [NiFe]hydrogenase from Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F: Suggestion for the Initial Activation Site for Dihydrogen 著者: Ogata, H. / Mizoguchi, Y. / Mizuno, N. / Miki, K. / Adachi, S. / Yasuoka, N. / Yagi, T. / Yamauchi, O. / Hirota, S. / Higuchi, Y. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ubj.cif.gz | 344 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ubj.ent.gz | 275.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ubj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ubj_validation.pdf.gz | 430.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ubj_full_validation.pdf.gz | 446.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ubj_validation.xml.gz | 18.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ubj_validation.cif.gz | 33.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/1ubj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/1ubj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-Periplasmic [NiFe] hydrogenase ... , 2種, 2分子 SL
#1: タンパク質 | 分子量: 28789.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F' (バクテリア) 生物種: Desulfovibrio vulgaris / 株: Miyazaki F / 参照: UniProt: P21853, cytochrome-c3 hydrogenase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 59208.398 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 19-552 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F' (バクテリア) 生物種: Desulfovibrio vulgaris / 株: Miyazaki F / 参照: UniProt: P21852, cytochrome-c3 hydrogenase |
-非ポリマー , 6種, 939分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-F3S / | #5: 化合物 | ChemComp-MG / | #6: 化合物 | ChemComp-FNE / ( | #7: 化合物 | ChemComp-CMO / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 % |
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結晶化 | 温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: MPD, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K |
結晶化 | *PLUS |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.7085 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年4月8日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.7085 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.35→50 Å / Num. all: 152483 / Num. obs: 142913 / % possible obs: 77.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.068 |
反射 シェル | 解像度: 1.35→1.42 Å / Rmerge(I) obs: 0.525 / % possible all: 43.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 1H2R 解像度: 1.35→20 Å / Num. parameters: 59904 / Num. restraintsaints: 72898 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze | Num. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 287 / Occupancy sum non hydrogen: 7128.77 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.35→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.133 / Rfactor Rfree: 0.175 / Rfactor Rwork: 0.135 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |