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- PDB-1ub5: Crystal structure of Antibody 19G2 with hapten at 100K -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ub5
タイトルCrystal structure of Antibody 19G2 with hapten at 100K
要素
  • antibody 19G2, alpha chain
  • antibody 19G2, beta chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody fluorscence dynamics / sera ligand
機能・相同性
機能・相同性情報


Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity ...Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / complement activation, classical pathway / positive regulation of phagocytosis / antigen binding / B cell differentiation / positive regulation of immune response / antibacterial humoral response / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-(4-STYRYL-PHENYLCARBAMOYL)-BUTYRIC ACID / Immunoglobulin kappa constant / Immunoglobulin heavy constant gamma 2B / Ig heavy chain V region 914
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Beuscher, A.B. / Wirsching, P. / Lerner, R.A. / Janda, K. / Stevens, R.C.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Structure and Dynamics of Blue Fluorescent Antibody 19G2 at Blue and Violet Fluorescent Temperatures
著者: Beuscher, A.B. / Wirsching, P. / Lerner, R.A. / Janda, K. / Stevens, R.C.
履歴
登録2003年3月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: antibody 19G2, alpha chain
L: antibody 19G2, beta chain
A: antibody 19G2, alpha chain
B: antibody 19G2, beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,9176
ポリマ－91,2984
非ポリマー6192
水10,034557
1
H: antibody 19G2, alpha chain
L: antibody 19G2, beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9593
ポリマ－45,6492
非ポリマー3091
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4280 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19010 Å2
手法PISA
2
A: antibody 19G2, alpha chain
B: antibody 19G2, beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9593
ポリマ－45,6492
非ポリマー3091
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4230 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)195.933, 61.058, 92.589
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.05, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 antibody 19G2, alpha chain


分子量: 22215.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell (発現宿主): hybridoma cell / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P18527, UniProt: P01867*PLUS
#2: タンパク質 antibody 19G2, beta chain


分子量: 23434.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell (発現宿主): hybridoma cell / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01837*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-SPB / 4-(4-STYRYL-PHENYLCARBAMOYL)-BUTYRIC ACID / 5-OXO-5-({4-[(E)-2-PHENYLVINYL]PHENYL}AMINO)PENTANOIC ACID / N-(TRANS-4-STILBENYL)-5-AMINO-5-OXO-PENTANOIC ACID / 5-[[4-(2-フェニルエテニル)フェニル]アミノ]-5-オキソペンタン酸


分子量: 309.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H19NO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 557 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.62 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: PEG2000, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→19.89 Å / Num. all: 76903 / Observed criterion σ(F): 0 / Biso Wilson estimate: 17.6 Å2 / Limit h max: 92 / Limit h min: -103 / Limit k max: 32 / Limit k min: -103 / Limit l max: 48 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 211600.69 / Observed criterion F min: 0.32

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→19.89 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 3207 5 %random
Rwork0.248 ---
all-66117 --
obs-63535 96.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 53.4994 Å2 / ksol: 0.359855 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 105.27 Å2 / Biso mean: 44.8 Å2 / Biso min: 9.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.11 Å20 Å2-0.04 Å2
2---0.62 Å20 Å2
3---1.73 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.27 Å0.22 Å
Luzzati d res high-2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6414 0 46 557 7017
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.75
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2-2.090.294064.90.29172200.0148255762692.4
2.09-2.20.2723904.80.27273010.0148208769193.7
2.2-2.340.3063614.40.30671690.0168236753091.4
2.34-2.520.2753844.70.27575820.0148241796696.7
2.52-2.770.2574074.90.25876520.0138250805997.7
2.77-3.170.274415.30.26977080.0138259814998.7
3.17-3.990.24641650.24578000.0128303821699
3.99-19.890.2064024.80.20778960.018447829898.2
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION3fra.paramfra.top
X-RAY DIFFRACTION4water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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