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- PDB-1ub4: crystal structure of MazEF complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ub4
タイトルcrystal structure of MazEF complex
要素
  • MazE protein
  • MazF protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / toxin / antidote / programmed cell death / post-segregation / addiction module / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin sequestering activity / toxin-antitoxin complex / quorum sensing / rRNA catabolic process / single-species biofilm formation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / regulation of growth / positive regulation of programmed cell death / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity ...toxin sequestering activity / toxin-antitoxin complex / quorum sensing / rRNA catabolic process / single-species biofilm formation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / regulation of growth / positive regulation of programmed cell death / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / molecular function activator activity / negative regulation of cell growth / regulation of translation / double-stranded DNA binding / defense response to virus / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / Pemi-like Protein 1; Chain: D / Pemi-like Protein 1; Chain: D - #10 / SpoVT / AbrB like domain / Antidote-toxin recognition MazE, bacterial antitoxin / SpoVT-AbrB domain profile. / SpoVT-AbrB domain / SH3 type barrels. - #110 / SpoVT-AbrB domain superfamily / mRNA interferase PemK-like ...: / Pemi-like Protein 1; Chain: D / Pemi-like Protein 1; Chain: D - #10 / SpoVT / AbrB like domain / Antidote-toxin recognition MazE, bacterial antitoxin / SpoVT-AbrB domain profile. / SpoVT-AbrB domain / SH3 type barrels. - #110 / SpoVT-AbrB domain superfamily / mRNA interferase PemK-like / PemK-like, MazF-like toxin of type II toxin-antitoxin system / Plasmid maintenance toxin/Cell growth inhibitor / SH3 type barrels. / Ribbon / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endoribonuclease toxin MazF / Antitoxin MazE / Antitoxin MazE / Endoribonuclease toxin MazF
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Kamada, K. / Hanaoka, F. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of the MazE/MazF Complex. Molecular Bases of Antidote-Toxin Recognition
著者: Kamada, K. / Hanaoka, F. / Burley, S.K.
履歴
登録2003年3月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MazF protein
B: MazF protein
C: MazE protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6213
ポリマ－33,6213
非ポリマー00
水3,585199
1
A: MazF protein
B: MazF protein
C: MazE protein

A: MazF protein
B: MazF protein
C: MazE protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,2416
ポリマ－67,2416
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area14530 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area26130 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)74.591, 116.717, 76.841
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1199-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 MazF protein


分子量: 11980.826 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: mazF / プラスミド: modified pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P33645, UniProt: P0AE70*PLUS
#2: タンパク質 MazE protein


分子量: 9659.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: MazE / プラスミド: modified pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P18534, UniProt: P0AE72*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.55 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: NaAcetate, NaCl, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
140 mg/mlprotein1drop
2100 mMsodium acetate1reservoirpH4.5
32 M1reservoirNaCl
415 %(v/v)glycerol1reservoir
510 mMdithiothreitol1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 0.97899 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年10月18日 / 詳細: flat cylindrically bent mirror
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97899 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 37150 / Num. obs: 37150 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 21.7 % / Biso Wilson estimate: 22.9 Å2 / Limit h max: 43 / Limit h min: 0 / Limit k max: 68 / Limit k min: 0 / Limit l max: 45 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 2136482.77 / Observed criterion F min: 3.5 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Rsym value: 0.034 / Net I/σ(I): 26.7
反射 シェル解像度: 1.7→1.72 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.187 / Mean I/σ(I) obs: 13.6 / Num. unique all: 1230 / Rsym value: 0.187 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / Num. measured all: 805050 / Rmerge(I) obs: 0.037
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.7→21.11 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 2596 7.1 %RANDOM
Rwork0.21 ---
all0.251 37117 --
obs0.248 36629 98.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 44.9037 Å2 / ksol: 0.381541 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 64.08 Å2 / Biso mean: 26.98 Å2 / Biso min: 8.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.74 Å20 Å20 Å2
2--2.36 Å20 Å2
3----6.11 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.13 Å0.07 Å
Luzzati d res high-1.7
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→21.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2155 0 0 199 2354
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_deg24.4
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_impr_deg0.95
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5941.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.6462.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.2052
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.3033
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.7-1.780.2573086.90.2341810.0154626448997
1.78-1.870.2783036.80.2441590.0164587446297.3
1.87-1.990.2493136.90.21742180.0144633453197.8
1.99-2.140.2533156.90.2142420.0144625455798.5
2.14-2.360.2293377.40.20642020.0124624453998.2
2.36-2.70.2433477.60.21842460.0134657459398.6
2.7-3.390.2273136.70.20943340.0134689464799.1
3.39-21.110.2173607.50.20344510.0114861481199
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 22 Å / % reflection Rfree: 7 % / Rfactor Rwork: 0.21
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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