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- PDB-1u9q: Crystal structure of cruzain bound to an alpha-ketoester -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u9q
タイトルCrystal structure of cruzain bound to an alpha-ketoester
要素cruzipain
キーワードHYDROLASE / Clan-CA cysteine protease / covalent inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


cruzipain / proteolysis involved in protein catabolic process / lysosome / cysteine-type endopeptidase activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF3586 / Protein of unknown function (DUF3586) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. ...Domain of unknown function DUF3586 / Protein of unknown function (DUF3586) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-186 / Cruzipain
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Lange, M. / Weston, S.G. / Cheng, H. / Culliane, M. / Fiorey, M.M. / Grisostomi, C. / Hardy, L.W. / Hartstough, D.S. / Pallai, P.V. / Tilton, R.F. ...Lange, M. / Weston, S.G. / Cheng, H. / Culliane, M. / Fiorey, M.M. / Grisostomi, C. / Hardy, L.W. / Hartstough, D.S. / Pallai, P.V. / Tilton, R.F. / Baldino, C.M. / Brinen, L.S. / Engel, J.C. / Choe, Y. / Price, M.S. / Craik, C.S.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2005
タイトル: Development of alpha-keto-based inhibitors of cruzain, a cysteine protease implicated in Chagas disease
著者: Choe, Y. / Brinen, L.S. / Price, M.S. / Engel, J.C. / Lange, M. / Grisostomi, C. / Weston, S.G. / Pallai, P.V. / Cheng, H. / Hardy, L.W. / Hartsough, D.S. / McMakin, M. / Tilton, R.F. / ...著者: Choe, Y. / Brinen, L.S. / Price, M.S. / Engel, J.C. / Lange, M. / Grisostomi, C. / Weston, S.G. / Pallai, P.V. / Cheng, H. / Hardy, L.W. / Hartsough, D.S. / McMakin, M. / Tilton, R.F. / Baldino, C.M. / Craik, C.S.
履歴
登録2004年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: cruzipain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1242
ポリマ－22,7151
非ポリマー4081
水1,874104
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.720, 50.675, 45.576
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.74, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 cruzipain / E.C.3.4.22.51 / Major cysteine proteinase / Cruzaine


分子量: 22715.133 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
プラスミド: DH5ALPHA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25779, cruzipain
#2: 化合物 ChemComp-186 / [1-(1-METHYL-4,5-DIOXO-PENT-2-ENYLCARBAMOYL)-2-PHENYL-ETHYL]-CARBAMIC ACID BENZYL ESTER


分子量: 408.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H24N2O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.7 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.6-1M NaCitrate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年3月15日 / 詳細: Yale MSC mirrors
放射モノクロメーター: Yale MSC Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40.82 Å / Num. all: 7826 / Num. obs: 7826 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.092
反射 シェル解像度: 2.3→2.37 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.207 / % possible all: 88.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
REFMAC5.2精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: cruzipain coordinate set 1AIM, without inhibitor or water molecules

1aim


解像度: 2.3→40.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 6.854 / SU ML: 0.165 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.559 / ESU R Free: 0.25 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21773 363 4.6 %RANDOM
Rwork0.13224 ---
obs0.13627 7457 93.32 %-
all-7826 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.744 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20 Å2-0.73 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3----0.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→40.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1592 0 30 104 1726
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0211661
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8761.9312265
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6165210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.41325.73568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.44315231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.529153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2249
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021278
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2760.2732
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.21125
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1860.294
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2730.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1770.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9881.51071
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.59921679
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6693697
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2234.5586
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 15 -
Rwork0.168 508 -
obs--87.75 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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