PDB-1u9k: Crystal Structure of Mouse Triggering Receptor Expressed on Myelo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1u9k

タイトル

Crystal Structure of Mouse Triggering Receptor Expressed on Myeloid Cells 1 (TREM-1) at 1.76

要素

triggering receptor expressed on myeloid cells 1

キーワード

IMMUNE SYSTEM / activating receptors / TREM-1 / innate immunity / immune system receptor

機能・相同性

機能・相同性情報

Cell surface interactions at the vascular wall / neutrophil extravasation / neutrophil migration / DAP12 interactions / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / neutrophil chemotaxis / adaptive immune response / innate immune response / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Kelker, M.S. / Debler, E.W. / Wilson, I.A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure of Mouse Triggering Receptor Expressed on Myeloid Cells 1 (TREM-1) at 1.76A
著者: Kelker, M.S. / Debler, E.W. / Wilson, I.A.

履歴

登録	2004年8月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1u9k.cif.gz	59.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1u9k.ent.gz	43.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1u9k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/1u9k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/1u9k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1smoS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4gbc-d 1mpj-d 4hz1-1 1qj0-d 7ai1-1 5nml-6 4gbi-d 3jtb-4 5aot-d 4qns-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (2) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (2) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (2) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (2)

登録構造単位

A: triggering receptor expressed on myeloid cells 1

B: triggering receptor expressed on myeloid cells 1

ヘテロ分子

26.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: triggering receptor expressed on myeloid cells 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: triggering receptor expressed on myeloid cells 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.837, 49.081, 125.208
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	triggering receptor expressed on myeloid cells 1 / triggering receptor expressed in monocytes 1 / TREM-1 分子量: 13108.157 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: trem / プラスミド: pET22b(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-(DE3) / 参照: UniProt: Q9JKE2
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.7 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: MES, PEG 8000, zinc acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97954 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月25日詳細: Flat mirror (vertical focusing), single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
放射	モノクロメーター: bent monochromator (horizontal focusing) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97954 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.76→31.47 Å / Num. all: 30078 / Num. obs: 29567 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / R_sym value: 0.129 / Net I/σ(I): 39.8
反射シェル	解像度: 1.76→1.79 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 1269 / R_sym value: 0.595 / % possible all: 87.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1SMO

1smo

解像度: 1.76→31.47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 3.553 / SU ML: 0.105 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24841	1346	4.9 %	RANDOM
R_work	0.22497	-	-	-
obs	0.22614	26009	93.04 %	-
all	-	27356	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.45 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.1 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.76→31.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1784	0	3	59	1846

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	1837
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1667
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.675	1.967	2501
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.814	3	3900
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.99	5	218
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	282
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1990
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.011	0.02	344
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	281
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.247	0.2	1884
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	1198
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.123	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.151	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.304	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.101	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.543	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.926	1.5	1115
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.73	2	1836
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.011	3	722
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.881	4.5	665
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.76→1.807 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.365	87
R_work	0.378	1446
obs	-	1446

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5456	-1.2114	0.4388	4.1314	-2.25	1.8255	0.0378	0.015	0.0231	-0.009	-0.0067	0.1066	-0.0444	0.0245	-0.0312	0.1005	-0.0036	0.0092	0.0148	-0.035	0.083	-11.706	-8.741	30.542
2	4.2104	-1.2487	-2.6164	2.328	1.2298	3.8556	0.1847	0.4404	0.6059	-0.1301	0.0955	-0.0421	-0.1746	-0.2376	-0.2802	0.2389	0.0234	0.0251	0.3246	0.1168	0.1044	0.043	-0.431	0.564

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	25 - 134	5 - 114
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	25 - 134	5 - 114

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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