+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1u9j | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of E. coli ArnA (PmrI) Decarboxylase Domain | ||||||
![]() | Hypothetical protein yfbG | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Decarboxylase / X-ray structure / E.coli proteome | ||||||
機能・相同性 | ![]() UDP-4-deoxy-4-formamido-beta-L-arabinopyranose biosynthetic process / UDP-glucuronic acid dehydrogenase activity / UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase activity / UDP-glucuronic acid dehydrogenase (UDP-4-keto-hexauronic acid decarboxylating) / UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase / UDP-D-xylose biosynthetic process / UDP-glucuronate decarboxylase activity / lipopolysaccharide biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / NAD+ binding ...UDP-4-deoxy-4-formamido-beta-L-arabinopyranose biosynthetic process / UDP-glucuronic acid dehydrogenase activity / UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase activity / UDP-glucuronic acid dehydrogenase (UDP-4-keto-hexauronic acid decarboxylating) / UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase / UDP-D-xylose biosynthetic process / UDP-glucuronate decarboxylase activity / lipopolysaccharide biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / NAD+ binding / response to antibiotic / protein-containing complex / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gatzeva-Topalova, P.Z. / May, A.P. / Sousa, M.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Escherichia coli ArnA (PmrI) Decarboxylase Domain. A Key Enzyme for Lipid A Modification with 4-Amino-4-deoxy-l-arabinose and Polymyxin Resistance 著者: Gatzeva-Topalova, P.Z. / May, A.P. / Sousa, M.C. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 81.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 60.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 445.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 452.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1kvsS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||
3 | ![]()
| x 6||||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41484.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pMS122 (an engineered variant of the pET28) 発現宿主: ![]() ![]() |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.3 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.75 詳細: 2.0 M (NH4)2SO4, 5 mM DTT, 100 mM MES pH 6.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() |
---|---|
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年5月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→30 Å / Num. all: 23460 / Num. obs: 23460 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 46.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 35 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 0.531 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique all: 2302 / % possible all: 100 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1KVS 解像度: 2.4→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 431251.99 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 38.9674 Å2 / ksol: 0.356389 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 10
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|