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- PDB-1u99: Crystal Structures of E. coli RecA in a Compressed Helical Filame... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u99
タイトルCrystal Structures of E. coli RecA in a Compressed Helical Filament Form 4
要素RecA protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / RecA / hoomologous recombination / ATPase / DNA repair
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase V complex / homologous recombination / SOS response / recombinational repair / ATP-dependent DNA damage sensor activity / response to ionizing radiation / translesion synthesis / ATP-dependent activity, acting on DNA / cell motility / single-stranded DNA binding ...DNA polymerase V complex / homologous recombination / SOS response / recombinational repair / ATP-dependent DNA damage sensor activity / response to ionizing radiation / translesion synthesis / ATP-dependent activity, acting on DNA / cell motility / single-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor binding / DNA recombination / damaged DNA binding / DNA damage response / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RecA protein, C-terminal domain / Rec A Protein; domain 2 / DNA recombination/repair protein RecA, conserved site / DNA recombination and repair protein RecA, C-terminal / : / RecA C-terminal domain / recA signature. / DNA recombination and repair protein RecA / : / recA bacterial DNA recombination protein ...RecA protein, C-terminal domain / Rec A Protein; domain 2 / DNA recombination/repair protein RecA, conserved site / DNA recombination and repair protein RecA, C-terminal / : / RecA C-terminal domain / recA signature. / DNA recombination and repair protein RecA / : / recA bacterial DNA recombination protein / DNA recombination and repair protein RecA, monomer-monomer interface / RecA family profile 2. / DNA recombination and repair protein RecA-like, ATP-binding domain / RecA family profile 1. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Protein RecA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Xing, X. / Bell, C.E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal structures of Escherichia coli RecA in a compressed helical filament.
著者: Xing, X. / Bell, C.E.
履歴
登録2004年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年9月5日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RecA protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3942
ポリマ－38,2991
非ポリマー951
水61334
1
A: RecA protein
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,36112
ポリマ－229,7916
非ポリマー5706
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z+1/31
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z+2/31
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z+1/21
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z+5/61
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z+1/61
単位格子
Length a, b, c (Å)108.001, 108.001, 74.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
詳細The biological assembly is a continuous helical filament generated by the 6sub1 symmetry operators

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要素

#1: タンパク質 RecA protein / Recombinase A


分子量: 38298.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: RecA with N-terminal GSHM residues / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: recA / プラスミド: pET-14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pLysS / 参照: UniProt: P0A7G6
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PEG 200, sodium citrate, sodium chloride, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→31.18 Å / Num. all: 15111 / Num. obs: 14222 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 47.9 Å2 / Limit h max: 35 / Limit h min: 1 / Limit k max: 35 / Limit k min: 1 / Limit l max: 28 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 1192257.53 / Observed criterion F min: 1.22 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 50.9
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.823 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB CODE 2REB

2reb


解像度: 2.6→31.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 1441 10.1 %random
Rwork0.213 ---
all-15280 --
obs-14222 93.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 46.0448 Å2 / ksol: 0.346144 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 130.63 Å2 / Biso mean: 62.52 Å2 / Biso min: 28.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.24 Å27.9 Å20 Å2
2---6.24 Å20 Å2
3---12.49 Å2
Refine Biso
クラスRefine-IDTreatment
polymerX-RAY DIFFRACTIONisotropic
waterX-RAY DIFFRACTIONisotropic
nonpolymerX-RAY DIFFRACTIONisotropic
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.48 Å0.39 Å
Luzzati d res high-2.6
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→31.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2269 0 5 34 2308
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg23.7
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg0
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.411.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.412
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.172
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it3.332.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.6-2.720.36615910.10.3314150.0291910157482.4
2.72-2.860.3451559.60.27314590.0281891161485.4
2.86-3.040.2861709.70.26915770.0221914174791.3
3.04-3.280.318180100.25716270.0241901180795.1
3.28-3.610.2691849.90.22716720.021896185697.8
3.61-4.130.24320210.80.19516710.0171908187398.2
4.13-5.20.20320310.60.15917040.0141921190799.2
5.2-31.180.25118810.20.21116560.0181945184494.8
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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