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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1u98 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of E. coli RecA in a Compressed Helical Filament Form3 | ||||||
![]() | RecA protein | ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / RecA / homologous recombination / ATPase / DNA repair | ||||||
機能・相同性 | ![]() DNA polymerase V complex / homologous recombination / SOS response / recombinational repair / response to ionizing radiation / ATP-dependent DNA damage sensor activity / ATP-dependent activity, acting on DNA / translesion synthesis / cell motility / single-stranded DNA binding ...DNA polymerase V complex / homologous recombination / SOS response / recombinational repair / response to ionizing radiation / ATP-dependent DNA damage sensor activity / ATP-dependent activity, acting on DNA / translesion synthesis / cell motility / single-stranded DNA binding / DNA recombination / DNA-binding transcription factor binding / damaged DNA binding / DNA damage response / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Xing, X. / Bell, C.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of Escherichia coli RecA in a compressed helical filament. 著者: Xing, X. / Bell, C.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 78.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 56.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 444.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 448.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 6||||||||
単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a continuous helical filament formed by the 6sub1 symmetry operators |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38298.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: RECA WITH N-TERMINAL GSHM RESIDUES / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: PEG 2000 Monomethylether, lithium sulfate, sodium phosphate, sodium citrate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→31.29 Å / Num. all: 33414 / Num. obs: 33112 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.8 % / Biso Wilson estimate: 26.7 Å2 / Limit h max: 46 / Limit h min: 1 / Limit k max: 46 / Limit k min: 1 / Limit l max: 36 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 1093613.19 / Observed criterion F min: 0.32 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 63.3 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.735 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 99.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ID 2REB 解像度: 2→31.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 72.6877 Å2 / ksol: 0.403562 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 119.57 Å2 / Biso mean: 50.41 Å2 / Biso min: 20.92 Å2
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Refine Biso |
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→31.29 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Xplor file |
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