ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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CNS | 1.1 | 精密化 | | ADSC | (QUANTUM)データ収集 | | SCALEPACK | | データスケーリング | | CNS | | 位相決定 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1IVN 解像度: 2.08→19.78 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.259 | 1361 | 10.3 % | Random |
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Rwork | 0.228 | - | - | - |
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all | - | 14137 | - | - |
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obs | - | 13213 | 93.5 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 73.857 Å2 / ksol: 0.393248 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso max: 153.08 Å2 / Biso mean: 52.94 Å2 / Biso min: 27.65 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 10.7 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 10.7 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -21.4 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.34 Å | 0.28 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.37 Å | 0.34 Å |
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Luzzati d res high | - | 2.08 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.08→19.78 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1417 | 0 | 33 | 112 | 1562 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | x_bond_d0.009 | X-RAY DIFFRACTION | x_angle_deg1.3 | X-RAY DIFFRACTION | x_torsion_deg21.4 | X-RAY DIFFRACTION | x_torsion_impr_deg1.03 | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | % reflection Rfree (%) | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Rfactor Rfree error | Num. reflection all | Num. reflection obs | % reflection obs (%) |
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2.08-2.17 | 0.351 | 152 | 10 | 0.327 | 1365 | 0.028 | 1733 | 1517 | 87.5 | 2.17-2.29 | 0.365 | 153 | 9.9 | 0.331 | 1395 | 0.029 | 1723 | 1548 | 89.8 | 2.29-2.43 | 0.339 | 138 | 8.5 | 0.282 | 1477 | 0.029 | 1717 | 1615 | 94 | 2.43-2.62 | 0.311 | 179 | 10.7 | 0.251 | 1492 | 0.023 | 1735 | 1671 | 96.3 | 2.62-2.88 | 0.302 | 183 | 10.8 | 0.247 | 1519 | 0.022 | 1751 | 1702 | 97.2 | 2.88-3.3 | 0.273 | 188 | 10.9 | 0.234 | 1539 | 0.02 | 1767 | 1727 | 97.7 | 3.3-4.15 | 0.213 | 174 | 10.1 | 0.2 | 1550 | 0.016 | 1800 | 1724 | 95.8 | 4.15-19.78 | 0.231 | 194 | 11.4 | 0.2 | 1515 | 0.017 | 1929 | 1709 | 88.6 |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | protein_rep.paramprotein.topX-RAY DIFFRACTION | 2 | oct_gol_imd.paramoct_gol_imd.topX-RAY DIFFRACTION | 3 | water_rep.paramwater.topX-RAY DIFFRACTION | 4 | ion.paramion.top | | | | | | | |
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