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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1u8s | ||||||
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タイトル | Crystal structure of putative glycine cleavage system transcriptional repressor | ||||||
要素 | glycine cleavage system transcriptional repressor, putative | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / Structural Genomics / Protein Structure Initiative (PSI) / Domain Swapping / ACT Domain / Glycine Cleavage System | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Vibrio cholerae (コレラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.45 Å | ||||||
データ登録者 | Kumaran, D. / Swaminathan, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of putative glycine cleavage system transcriptional repressor 著者: Kumaran, D. / Swaminathan, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1u8s.cif.gz | 75.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1u8s.ent.gz | 58.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1u8s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1u8s_validation.pdf.gz | 434.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1u8s_full_validation.pdf.gz | 442.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1u8s_validation.xml.gz | 15.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1u8s_validation.cif.gz | 20.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/1u8s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/1u8s | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21393.232 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KQ45 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: Ammonium Sulfate, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.45→50 Å / Num. all: 14865 / Num. obs: 14865 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 15.5 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.54 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Num. unique all: 1451 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.45→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Residues 131-138 (Chain A), 132-138 (B chain) and 181-182 (both chains) were not visible in the electron density map.
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原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→50 Å
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拘束条件 |
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