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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1u8i | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the HIV-1 Cross Neutralizing Monoclonal Antibody 2F5 in complex with gp41 Peptide ELDKWAN | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / Fab complex / HIV-1 Neutralization / gp41 Peptide | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bryson, S. / Julien, J.-P. / Hynes, R.C. / Pai, E.F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallographic definition of the epitope promiscuity of the broadly neutralizing anti-human immunodeficiency virus type 1 antibody 2F5: vaccine design implications 著者: Bryson, S. / Julien, J.-P. / Hynes, R.C. / Pai, E.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 97.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 78.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 442.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 457.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1u8hC ![]() 1u8jC ![]() 1u8lC ![]() 1u8mC ![]() 1u8nC ![]() 1u8oC ![]() 1u8pC ![]() 1u8qC ![]() 1u91C ![]() 1u92C ![]() 1u93C ![]() 1u95C ![]() 2f5aC ![]() 2f5bC ![]() 2pw1C ![]() 2pw2C ![]() 3idgC ![]() 3idiC ![]() 3idjC ![]() 3idmC ![]() 3idnC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 23363.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#2: 抗体 | 分子量: 24969.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 875.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHETIC PEPTIDE 由来: (合成) ![]() ![]() |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: sodium citrate, ammonium sulphate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年7月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→17 Å / Num. all: 45671 / Num. obs: 42626 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 20.6 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / % possible all: 87.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.7446 Å2 / ksol: 0.39621 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→17 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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