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万見
- PDB-1u8g: Crystal structure of a HIV-1 Protease in complex with peptidomime... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u8g
タイトルCrystal structure of a HIV-1 Protease in complex with peptidomimetic inhibitor KI2-PHE-GLU-GLU-NH2
要素
  • PROTEASE RETROPEPSIN
  • peptidomimetic inhibitor KI2-PHE-GLU-GLU-NH2
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / ASPARTYL PROTEASE / HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS / INHIBITOR DESIGN / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PEPTIDOMIMETIC INHIBITOR KI2-PHE-GLU-GLU-NH2 / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.201 Å
データ登録者Brynda, J. / Rezacova, P. / Fabry, M. / Horejsi, M. / Hradilek, M. / Soucek, R. / Stouracova, R. / Konvalinka, J. / Sedlacek, J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Inhibitor binding at the protein interface in crystals of a HIV-1 protease complex.
著者: Brynda, J. / Rezacova, P. / Fabry, M. / Horejsi, M. / Stouracova, R. / Soucek, M. / Hradilek, M. / Konvalinka, J. / Sedlacek, J.
履歴
登録2004年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32012年12月12日Group: Other
改定 1.42018年2月14日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEASE RETROPEPSIN
B: PROTEASE RETROPEPSIN
I: peptidomimetic inhibitor KI2-PHE-GLU-GLU-NH2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3403
ポリマ－22,3403
非ポリマー00
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5290 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area8720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.370, 61.370, 80.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Cell settinghexagonal
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 PROTEASE RETROPEPSIN / E.C.3.4.23.16 / HIV-1 PROTEASE


分子量: 10803.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
属: Lentivirus / 遺伝子: gag-pol / Plasmid details: T7 driven pET-like plasmid / プラスミド: p566 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P03367, HIV-1 retropepsin
#2: タンパク質・ペプチド peptidomimetic inhibitor KI2-PHE-GLU-GLU-NH2


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 732.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 参照: PEPTIDOMIMETIC INHIBITOR KI2-PHE-GLU-GLU-NH2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.8 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 50mM MES, 2.4 ammonium sulfate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 255K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.2→53.45 Å / Num. all: 8740 / Num. obs: 8740 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
EPMR位相決定
REFMAC5.1.24精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.201→53.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.47 / ESU R Free: 0.259 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25864 413 4.7 %RANDOM
Rwork0.20873 ---
all0.21103 ---
obs0.21103 8326 99.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.864 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.43 Å21.22 Å20 Å2
2--2.43 Å20 Å2
3----3.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.201→53.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1549 0 0 17 1566
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221684
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021608
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.952.0042284
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.79533752
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2725204
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1950.2276
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.021804
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0160.02312
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.2374
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2850.21935
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1250.2983
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2670.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1640.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3190.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2020.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4431.51032
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.65821682
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.993652
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.8414.5600
LS精密化 シェル解像度: 2.201→2.258 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.386 30
Rwork0.335 607

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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